3、PySCENIC(三):pyscenic单细胞转录因子分析可视化 4、PySCENIC(四):pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化首先说一句,我们之前也发过R语言版本的SCENIC,但是后来我们感觉容易出错,而且费时,所以就没有再探究过。可是总是有小伙伴喜欢跑R,然后说这里错了,那里找不见,其实我们的帖子写于2022年,但是数据库已经更...
1、PySCENIC(一):python版单细胞转录组转录因子分析 2、PySCENIC(二):pyscenic单细胞转录组转录因子分析 3、PySCENIC(三):pyscenic单细胞转录因子分析可视化 4、PySCENIC(四):pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化首先说一句,我们之前也发过R语言版本的SCENIC,但是后来我们感觉容易出错,而且费时,所以就没有再探究...
回到pySCENIC,之前我们写过整个系列4篇帖子,分析可视化都是很完善了。可是近期跑的时候发现在第一步有点问题,要么跑不动,要么出错,怀疑是软件和数据库没有更新的缘故,故而更新一下测试。这个帖子主要有两部分内容。 Section1首先准备单细胞数据,我们准备了27001个基因6000个细胞的数据:提取表达数据,这些操作和之前的...