转录因子CUT&Tag，不得不说的“伤痛”转录因子是一类特殊的蛋白质，通过与DNA特定序列结合，调控基因转录过程。CUT&Tag可以在活细胞中检测全基因组范围内转录因子的结合位点，是研究转录因子调控机制的利器。但“高速运转”的细胞动态发生着转录翻译的生命活动，由于转录因子与基因组的结合具有动态或间接的特点，并非一直牢牢地结
1、ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq都是利用高通量测序技术去获得转录因子与DNA互作的信息。（1）ChIP-seq ChIP-seq其实就是染色质免疫共沉淀，结合二代测序的过程。最初被用于组蛋白修饰的研究，后被广泛应用于转录因子与启动子结合的研究。染色质免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation，...
1.发现了转录因子ONECUT3在MDS中异常高表达,与MDS的复杂核型和生存预后不佳显著相关。 2.在p53-WT MEF和p53-KO MEF上通过逆转录病毒构建可诱导ONECUT3过表达,可观察到ONECUT3可诱导多核细胞和复杂核型(假二倍体和多倍体)的表型产生...
greenCUT&RUN技术是CUT&RUN的改进版本（图7），它进一步提高了CUT&RUN技术的灵敏度，其中GFP特异性纳米抗体直接与MNase融合，可在天然染色质状态下特异性切割GFP标记蛋白结合的DNA区域(Koidl and Timmers, 2021)。图7 流程图包括CUT&RUN（左）和greenCUT&RUN（右）方案中各个步骤所需的时间(Koidl and Timmers, 20...
Onecut3转录因子突变会引发多种发育异常 。某些突变会导致神经系统发育缺陷 。突变还可能致使胰腺发育出现问题 。研究其功能有助于理解相关疾病发病机制 。 如神经系统疾病与Onecut3转录因子异常有关 。胰腺疾病的发生或许也和它存在联系 。可通过基因编辑技术研究Onecut3转录因子功能 。CRISPR/Cas9技术能对其基因进行...
蛋白和DNA互作的研究手段包括ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq、以及反向酵母单杂),当然目前也有包括CUT&RUN、DamID等技术同样可以用于研究转录因子结合位点,在这里我们先介绍较为常见的几种。 1、ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq都是利用高通量测序技术去获得转录因子与DNA互作的信息。 (1)C...
单细胞 CUT&Tag 分析 随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质区域的单细胞分析在技术上具有挑战性。今天小编和大家分享一篇今年四月份发表于Nature Biotechnology 的article 《...
近些年,靶向剪切及转座酶技术(CUT&Tag)已经成功用于动物和植物组蛋白修饰方面的研究,但是应用于植物转录因子方面的研究还较少。 JIPB近日在线发表了华中农大李林课题组题为“A cost-effective tsCUT&Tag method for profiling transcription f...
（2）CUT&Tag技术也可以用于研究转录因子结合位点以及组蛋白的修饰情况。与ChIP-seq相比，CUT&Tag处理流程更快、分辨率更高、背景信号更低、所需的样本量更少。但是，CUT&Tag技术也需要获得稳定的遗传转化植株，因此不适用于一些没有稳定遗传转化体系的物种。除此之外，基于原生质体体系的CUT&Tag技术（pCUT&Tag）不...
单细胞 CUT&Tag 分析 随着10X、BD等平台技术的推进,单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立,并且在动植物种中都得到了很好的尝试。 对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质…