🔪 CUT-Tag:通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割,并在序列两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库。CUT-Tag无需超声打断,也无需传统连接法添加测序接头,操作简便、周期短、信噪比高、重复性好,且适用于低细胞起始量。特别适合组蛋白修饰的研究,但目前在转录...
可以应用。 CUT&Tag主要用于全基因组范围内的DNA-蛋白质结合位点分析/研究,包括存在于常染色质及异染色质区域的组蛋白类修饰及转录因子结合。当用于研究低丰度转录因子或存在于染色质压缩缠绕区的H3K27me3时,丰度较低会导致其文库产量也相比常规活跃型组蛋白修饰研究的文库产量低,但同样可以获得好的测序及数据分析结...
预测的引物一般不太靠谱,一般等第一次测序结果参考切割的140bp左右的片段去设计,设计产物在100bp左右。 Cut&Tag产物PCR小技巧 🧬 Cut&Tag产物可以跑PCR,需要在8-10DNA提取之后加入Stop Buffer,95度五分钟,磁力架取上清跑Q。 CDNA保存时间 ⏳ CDNA在-20度只能保存1-2周,如果需要跑Q可能需要重复试验。胶没有...
CUT&Tag技术不需要超声打断,也不需要传统的连接法添加测序接头,具有操作简便、周期短、信噪比高、重复性好、低细胞起始量等优势。但CUT&Tag比较适合组蛋白修饰的研究,部分转录因子有较好的实验数据。目前CUT&Tag在转录因子的应用上有一定的局限性。 ChIP-seq和CUT&Tag实验过程中都需要使用到抗体,首推商业化ChIP级别...
转录因子CUT&Tag,不得不说的“伤痛” 转录因子是一类特殊的蛋白质,通过与DNA特定序列结合,调控基因转录过程。CUT&Tag可以在活细胞中检测全基因组范围内转录因子的结合位点,是研究转录因子调控机制的利器。 但“高速运转”的细胞动态发生着转录翻译的生命活动,由于转录因子与基因组的结合具有动态或间接的特点,并非一直牢...
自2019年CUT&Tag技术诞生以来,经过大量实践,发现该技术在组蛋白修饰及部分转录因子-DNA互作的研究中可以获得高信噪比的结果,但针对一些与DNA结合力较弱或结合具有高动态性的DNA结合蛋白,较难得到理想的结果。 近岸蛋白CUT&Tag®4.0(目录号:N259...
（2）CUT&Tag技术也可以用于研究转录因子结合位点以及组蛋白的修饰情况。与ChIP-seq相比，CUT&Tag处理流程更快、分辨率更高、背景信号更低、所需的样本量更少。但是，CUT&Tag技术也需要获得稳定的遗传转化植株，因此不适用于一些没有稳定遗传转化体系的物种。除此之外，基于原生质体体系的CUT&Tag技术（pCUT&Tag）不...
相比于pCUT&Tag,没有制备植物原生质体的技术限制,对构建转录因子调控网络方面具有很好的应用前景。但是DAP-seq是体外实验,因此无法真实反映体内转录因子与DNA的互作。 伯小远将ChIP-seq、CUT&Tag、DAP-seq三种方法的优缺点和适用范围总结如下(表1)。 表1 鉴定转录因子结合位点的表观组学技术比较。
单细胞 CUT&Tag 分析 随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质区域的单细胞分析在技术上具有挑战性。今天小编和大家分享一篇今年四月份发表于Nature Biotechnology 的article 《...
3. 通过CUTTag确定结合波形蛋白 4. 筛选众多候选基因,确定EGR1/EZH2/HDAC9复合物和EBF3的相互作用 实验结果 EBF3 在转移性 NPC 中高表达并与低生存率相关 为了识别可能驱动肿瘤进展和转移的潜在转录因子,作者通过对鼻咽癌有无转移的组织进行RNA-seq以及ONCOMINE数据库中的分析,发现EBF3在有转移的NPC组织中显著上调...