CUT&Tag是蛋白质和DNA互作新兴的实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加测序接头,经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。 有组蛋白乳酸化修饰研究需求的老师可以和我们咨询沟通,爱基百客提...
与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比,CUT&Tag技术方法简便易行,信噪比高,重复性好,需要的细胞数量少至60个细胞,且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平,再一次展现了创新技术方法的潜力。 简评 Spatial-CUT&Tag作为一项基于NGS的全新空间组学...
在最近的一项研究中,佛罗里达大西洋大学和国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所的科学家们利用CUT&RUN技术建立了一个功能性全基因组图谱,该图谱是一种称为缺氧诱导因子的蛋白质复合物的特异性结合位点—HIF1α,位于人眼的晶状体中。该团队表示选择CUT&RUN而不是ChIP-seq分析,是因为前者不需要DNA-蛋白质交联。此外,与Ch...
短适配DNA可以优化Tn5活性,小分子抑制剂Pitstop2能提高Tn5的核通透效果。因此,这些方法优化可以用于CUT&TAG、ATAC-seq及RNA-seq等基于Tn5的技术。 总之,该研究揭示了全局染色质开放的建立涉及多种生物学过程,并强调了TFDP1通过直接调控组蛋白转录影响全局染色质开放性的建立。此外,该研究也提出操纵染色质开放性提高细胞...
研究者设计并比较了多种算法对基因突变识别的准确性和精确度,开发了一种“rankand- cut”方法来识别可能的癌症驱动因素。 Peter J. Campbell等人在杂志NATURE上发表了文章“Pan-cancer analysisof whole genomes”,研究者们报告了2658个全癌基因组的整合分析,以及与它们相匹配的38种肿瘤类型的正常组织全癌基因组泛癌...
研究筛查阶段将会检测患者血浆标本中的体细胞突变状态(ALK/RET)或正的bTMB分数(高于既定的cut-off值); 将基于筛查结果使患者入组到相应的队列。入组的患者将持续接受研究药物治疗直至疾病进展(所有队列)或不再有临床获益(仅atezolizumab队列...
短适配DNA可以优化Tn5活性,小分子抑制剂Pitstop2能提高Tn5的核通透效果。因此,这些方法优化可以用于CUT&TAG、ATAC-seq及RNA-seq等基于Tn5的技术。 总之,该研究揭示了全局染色质开放的建立涉及多种生物学过程,并强调了TFDP1通过直接调控组蛋白转录影响全局染色质开放性的建立。此外,该研究也提出操纵染色质开放性提高细胞...
spatial-CUTTag 基因组 组织切片 组蛋白修饰 表观遗传药物 在一项新的研究中,来自美国耶鲁大学和瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员开发出一种技术,使他们能够同时在空间水平和全基因组水平上观察组织发育背后的表观遗传机制,这是一项在多种科学和医学应用上的突破。
#统计所有变异位置信息$ cut-f1refGene.variant_function|sort|uniq-c46714downstream35227exonic44exonic;splicing3921596intergenic2389507intronic27045ncRNA_exonic12ncRNA_exonic;splicing444673ncRNA_intronic137ncRNA_splicing2ncRNA_UTR5231splicing43983upstream1657upstream;downstream60864UTR310620UTR527UTR5;UTR3 ...
建立雷特综合症神经元模型之后,刘毅等人还优化了 CUT&Tag 技术在神经元中的应用。 并利用高特异性的绿色荧光蛋白抗体,来提高实验分辨率。随后,他们开始解析和比较野生型 MECP2 蛋白与突变型 MECP2 蛋白,在神经元基因组上的结合差异。 此外,他们还结合蛋白质组、全基因组 DNA 甲基化测序、染色质开放性测序、以及...