RT-qPCR技术广泛应用于RNA表达水平的研究,如基因表达分析、病毒载量检测等。 RNA的荧光定量PCR引物要求与普通qPCR相同,但要特别注意因为扩增的序列为RNA反转录后的cDNA,因此扩增的序列不能包含内含子,只能设计在外显子上,因为成熟mRNA的内含子是被剪切掉的。 四、ChIP-qPCR 染色质免疫沉淀(ChIP)是通过特异性抗体...
选择在三组数据中都有 peak 的区域,Zoom In。在有 peak 富集的区域选择 DNA 序列用来设计阳性对照的引物。对于你感兴趣的结合位点,可以先定位到基因,再根据 ChIP-Seq 的数据选择有 peak 富集的区域。 获取DNA 序列 获得DNA 序列了,就可以进一步利用 Primer 5 ...
ChIP引物设计是ChIP实验成功的关键步骤之一。通过合理的引物设计,可以确保ChIP实验能够特异性地扩增目标DNA区域,从而准确研究蛋白质与DNA的相互作用。 在引物设计过程中,需要综合考虑目标基因的信息、生物信息学预测、引物设计原则以及实验验证结果。最终,通过ChIP-qPCR结果的分析,可以进一步验证引物的特异性和实验的可靠性。
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。 很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ) 01 如果您手里有相...
二、ChIP-qPCR引物设计: 接上,放大之后华友6000多长,而且peak看的更清楚了: 继续放大,只有250bp。嗯,刚好,因为我们做chip-qpcr验证的时候,设计引物扩增出来的片段最好是在100-150就行。 所以我接着就要拿这一段250bp的序列去设计引物。如下获取dna序列...
首先,你需要确定你想要研究的DNA区域。这通常来自于前期的CHIP-Seq或者CUT&TAG等高通量测序结果,这些结果会告诉你哪些DNA区域与特定的蛋白质有显著的结合。 →查找文献:如果已有相关的研究文献,可以直接参考其中的CHIP-qPCR引物序列。 →分析CHIP-Seq数据:如果没有文献可以参考,你可以利用公开的CHIP-Se...
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。 很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ) ...
🎯 在CHIP-qPCR实验后,精准的引物设计分析至关重要。下面为你提供详细步骤:1️⃣ 引物设计基石 📚 若实验前有参考文献提供的引物序列,应优先考虑这些经过验证的引物。 🔍 若缺乏文献资料,可利用已发表的ChIP-Seq数据来指导引物设计。挑选通过质控的ChIP-Seq数据,并在UCSC等平台上查找峰值区域。
ChIP-qPCR 引物设计, 视频播放量 1216、弹幕量 0、点赞数 44、投硬币枚数 20、收藏人数 123、转发人数 23, 视频作者 壹迈生物, 作者简介 生物相关干货分享~技术实验、知识科普,你想看的都有,相关视频:表观系列 ChIP实验 五分钟快速教程,科研人必备!用Image J做细胞计数
ChIP-qPCR的实验目的不仅包含检测 ChIP 实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还包括检测蛋白与目标区域 DNA 的结合。一般情况下,可以根据已发表文献的ChIP-seq数据,来获取目标区域的引物信息,但当文献中查不到所需要的引物时,我们可以根据目标蛋白结合的靶基因的区域进行设计,比如转录因子通常在启动子区域结合,我们...