在这个页面设计引物的时候,我们只要修改产物长度就行,我们只要100-150bp左右的产物就行,对于做ChIP-qpcr来说的话。因为如果你设计太长了,在你做ChIP的时候如果超声把DNA打的太短,你就验证不出来了。所以我们一般建议大家做qpcr验证的时候设计产物在100-15...
因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,...
chip的基本原理是在活细胞状态下，固定蛋白质-DNA（染色质）复合物，并将其切断为一定长度范围内的染色...
1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就越大,丢失的...
ChIP实验原理 ChIP,全称的意思是染色质免疫共沉淀——简单来说,就是我们用抗体去“钓”特定的能结合DNA的蛋白质,我们最后检测的是和这蛋白质结合的DNA。 DNA不是漂浮在细胞核里的毛线团,而是和组蛋白结合的,被卷起来,被安排的好好的。 组蛋白一般由8个亚基组成,4种,每种2个。其中H3亚基上如果有乙酰化修饰,...
ChIP-qPCR检测服务可用于研究已知基因组结合位点处的蛋白质-DNA相互作用。如果位点未知,qPCR引物也可以针对潜在的调控区域(例如启动子)进行设计。ChIP-qPCR在关注特定基因和潜在调控区域的研究中具有优势,因为qPCR的成本极低,可以在不同的实验条件下进行。该技术现在用于各种生命科学学科,包括细胞分化,肿瘤抑制基因沉默以及...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
㈣qPCR分析:选择合适的内参和特异性引物,确保qPCR分析的准确性和可靠性。同时,需考虑实验的技术变异,包括PCR扩增效率的变异和样本处理过程中的损失。 结论 染色质免疫共沉淀(ChIP)实验是研究蛋白质与DNA相互作用的重要技术。通过精确的实验设计、严格的样品处理和详细的数据分析,ChIP实验不仅可以揭示转录因子的DNA结合位...
6.ChIP-qPCR引物设计？ChIP-qPCR实验一般瞄准的是基因的启动子区域，这一部分相对于基因翻译区，信息要模糊的多，可以通过NCBI上的gene browser来辅助分析，一般可以在转录起始位点（TSS）上游100~1000bp选择，同时需要至少设计两对引物，从中选择效果较好的。以上即是本期的主要内容，从实验原理、一般实验流程和注意...