chip的基本原理是在活细胞状态下，固定蛋白质-DNA（染色质）复合物，并将其切断为一定长度范围内的染色...
qPCR常用的方法主要有两种:TaqMan探针法和SYBR Green法(图2)。此技术主要用于DNA或cDNA的定量分析,如基因表达分析、病毒载量检测等。 图2 SYBR Green法实验原理 qPCR引物设计流程与普通PCR一致,但相较于普通PCR的引物设计原则,qPCR更为严格,具体如下:1. 引物的退火温度要高,一般要在60℃以上;2. 引物的产物大小...
在这个页面设计引物的时候,我们只要修改产物长度就行,我们只要100-150bp左右的产物就行,对于做ChIP-qpcr来说的话。因为如果你设计太长了,在你做ChIP的时候如果超声把DNA打的太短,你就验证不出来了。所以我们一般建议大家做qpcr验证的时候设计产物在100-15...
因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
5.qPCR分析：通过设计特异性引物，针对目标DNA序列进行qPCR分析，定量检测目标序列的富集情况。通过与内参（如INPUT样品）的比较，可定量分析蛋白质与特定DNA序列的结合强度。实验操作注意事项 · 交联时间和甲醛浓度的选择对实验结果有重要影响，需根据不同的细胞类型和目标蛋白进行优化。· 超声碎裂染色质的条件（如超声...
基因特异性引物可用于后续PCR检测,增加特异性。 📈 实验流程 完成染色质免疫沉淀后,可以对纯化的染色质及有关蛋白、组蛋白、转录因子和辅因子进行多种下游分析。最常见的分析方法有ChIP-qPCR和ChIP-seq等。CHIP实验技术流程图见图2。 💡 代做服务 我们提供CHIP-seq和CHIP-qPCR实验的代做服务,免费实验设计,全程...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
步骤一：使用参考文献提供的序列。若已有相关文献，可以直接引用文献中的 ChIP-qPCR 引物序列，这通常已通过验证。步骤二：查阅 ChIP-Seq 数据。Shirley Liu Lab 推出的 Cistrome Data Browser 收集了大量 ChIP-Seq 数据，通过筛选高质量数据，可以为设计引物提供可靠的依据。选择目标物种、细胞或组织类型、...