㈣qPCR分析:选择合适的内参和特异性引物,确保qPCR分析的准确性和可靠性。同时,需考虑实验的技术变异,包括PCR扩增效率的变异和样本处理过程中的损失。 结论 染色质免疫共沉淀(ChIP)实验是研究蛋白质与DNA相互作用的重要技术。通过精确的实验设计、严格的样品处理和详细的数据分析,ChIP实验不仅可以揭示转录因子的DNA结合位...
因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,...
6.ChIP-qPCR引物设计？ChIP-qPCR实验一般瞄准的是基因的启动子区域，这一部分相对于基因翻译区，信息要模糊的多，可以通过NCBI上的gene browser来辅助分析，一般可以在转录起始位点（TSS）上游100~1000bp选择，同时需要至少设计两对引物，从中选择效果较好的。以上即是本期的主要内容，从实验原理、一般实验流程和注意事...
一般ChIP的流程是：甲醛处理细胞——收集细胞，超声破碎——加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互...
二、ChIP-qPCR引物设计: 接上,放大之后华友6000多长,而且peak看的更清楚了: 继续放大,只有250bp。嗯,刚好,因为我们做chip-qpcr验证的时候,设计引物扩增出来的片段最好是在100-150就行。 所以我接着就要拿这一段250bp的序列去设计引物。如下获取dna序列...
ChIP实验原理 ChIP,全称的意思是染色质免疫共沉淀——简单来说,就是我们用抗体去“钓”特定的能结合DNA的蛋白质,我们最后检测的是和这蛋白质结合的DNA。 DNA不是漂浮在细胞核里的毛线团,而是和组蛋白结合的,被卷起来,被安排的好好的。 组蛋白一般由8个亚基组成,4种,每种2个。其中H3亚基上如果有乙酰化修饰,...
一、ChIP实验的原理 ChIP实验的基本原理是在活细胞状态下,通过交联剂(如甲醛)固定细胞内蛋白质与DNA之间的相互作用,然后将染色质随机打断成一定长度范围内的片段。接着,利用特异性抗体与目标蛋白-DNA复合物的结合,通过免疫沉淀法富集目标蛋白结合的DNA片段。最后,通过DNA纯化及定量聚合酶链反应(qPCR)等方法,分析目标DN...
chip的基本原理是在活细胞状态下，固定蛋白质-DNA（染色质）复合物，并将其切断为一定长度范围内的染色...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...