无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。 很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ) 01 如果您手里有相...
ChIP-qPCR的实验目的不仅包含检测 ChIP 实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还包括检测蛋白与目标区域 DNA 的结合。一般情况下,可以根据已发表文献的ChIP-seq数据,来获取目标区域的引物信息,但当文献中查不到所需要的引物时,我们可以根据目标蛋白结合的靶基因的区域进行设计,比如转录因子通常在启动子区域结合,我们...
1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就越大,丢失的...
我们先如下打开NCBI的引物设计页面: 在这个页面设计引物的时候,我们只要修改产物长度就行,我们只要100-150bp左右的产物就行,对于做ChIP-qpcr来说的话。因为如果你设计太长了,在你做ChIP的时候如果超声把DNA打的太短,你就验证不出来了。所以我们一般建议大...
🎯 在CHIP-qPCR实验后,精准的引物设计分析至关重要。下面为你提供详细步骤:1️⃣ 引物设计基石 📚 若实验前有参考文献提供的引物序列,应优先考虑这些经过验证的引物。 🔍 若缺乏文献资料,可利用已发表的ChIP-Seq数据来指导引物设计。挑选通过质控的ChIP-Seq数据,并在UCSC等平台上查找峰值区域。
比如,我们做了TF的ChIPseq,我们发现TF在WNT4的启动子区域有明显的富集: 因此,我们准备做ChIPqPCR验证该结合。先将该区域放大可视化150-200bp左右: 随后选中上面哪个红色的,左右各点击一下示意选中该区域,并右键复制序列: 打开snapgene(点击下载免费的安装包),将该序列保存...
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ...
步骤一：使用参考文献提供的序列。若已有相关文献，可以直接引用文献中的 ChIP-qPCR 引物序列，这通常已通过验证。步骤二：查阅 ChIP-Seq 数据。Shirley Liu Lab 推出的 Cistrome Data Browser 收集了大量 ChIP-Seq 数据，通过筛选高质量数据，可以为设计引物提供可靠的依据。选择目标物种、细胞或组织类型、...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
一般来说,ChIP完成后可以通过测序(ChIP-Seq)、芯片(ChIP-on-chip)或者qPCR(ChIP-qPCR)进行检测,当你不知道靶基因是什么的时候可以用芯片和来筛选;如果你已经有备选的靶基因了,则可以通过基因中蛋白结合靶点的特异性引物来检测。 在漂亮的westernblot条带,为什么都是别人家的?一文中,我们介绍了一个抗体的数据库Ci...