ChIP-qPCR和普通逆转录-qPCR的引物设计有很大不同。 普通逆转录 qPCR引物设计里一个很重要的原则是引物序列要跨内含子,目的就是把cDNA模板和genomic DNA模板区分开来,避免引物结合到残留的genomic DNA模板上,导致假阳性非特异性扩增信号。 而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位...
在有 peak 富集的区域选择 DNA 序列用来设计阳性对照的引物。对于你感兴趣的结合位点,可以先定位到基因,再根据 ChIP-Seq 的数据选择有 peak 富集的区域。 获取DNA 序列 获得DNA 序列了,就可以进一步利用 Primer 5 等软件进行 qPCR 引物的设计,用 Blast 检验引物...
因此,我们准备做ChIPqPCR验证该结合。先将该区域放大可视化150-200bp左右: 随后选中上面哪个红色的,左右各点击一下示意选中该区域,并右键复制序列: 打开snapgene(点击下载免费的安装包),将该序列保存起来(此时注意,上面我们可以看到WNT4是从右到左的,我们复制的时候序列也是...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。 二、引物设计 2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。 对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预...
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。 很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ) ...
引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就...
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ...
6.ChIP-qPCR引物设计?ChIP-qPCR实验一般瞄准的是基因的启动子区域,这一部分相对于基因翻译区,信息要模糊的多,可以通过NCBI上的gene browser来辅助分析,一般可以在转录起始位点(TSS)上游100~1000bp选择,同时需要至少设计两对引物,从中选择效果较好的。以上即是本期的主要内容,从实验原理、一般实验流程和注意...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。 二、引物设计 2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。 对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预...
上周的文章推出来,关注表观的小伙伴纷纷问了做ChIP的一些常见问题,小编就提问比较多的问题做了详细的解读。做过ChIP实验的同学都知道,ChIP-qPCR检测引物设计十分关键,周末小编为各位小伙伴整理出: 如何使用GEO数据库ChIP-Seq数据和UCSC genome browser数据库设计ChIP引物?