在这个页面设计引物的时候,我们只要修改产物长度就行,我们只要100-150bp左右的产物就行,对于做ChIP-qpcr来说的话。因为如果你设计太长了,在你做ChIP的时候如果超声把DNA打的太短,你就验证不出来了。所以我们一般建议大家做qpcr验证的时候设计产物在100-15...
引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就...
这里首先给大家隆重介绍一下由Active Motif编订的《ChIP实验指南》,这里面有非常完整且详细的ChIP实验介绍,包括后续的富集度计算和ChIP-qPCR引物设计指南,感兴趣的小伙伴可以私信小P,或者咨询Proteintech当地授权代理商领取纸质或者电子版资料。 然后就是我们的惊喜活动啦,2024.7.8-8.9期间,小伙伴们订购AM产品,全线立享7...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
ChIP-qPCR和普通逆转录-qPCR的引物设计有很大不同。 普通逆转录 qPCR引物设计里一个很重要的原则是引物序列要跨内含子,目的就是把cDNA模板和genomic DNA模板区分开来,避免引物结合到残留的genomic DNA模板上,导致假阳性非特异性扩增信号。 而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位...
通常情况下,引物浓度应该在10-100 nM之间。过高的引物浓度可能导致非特异性结合,而过低的引物浓度则可能导致富集效率低下。 8. 引物验证 在使用新设计的Chip引物进行实验之前,建议进行一系列验证实验以确保其质量和特异性。这些验证实验可以包括体外PCR扩增、阳性对照实验以及与已知结果相比较的ChIP-qPCR等。 结论 ...
Qubit 荧光计可以准确定量低水平的纯化 DNA,并可用于在 qPCR 之前对样品进行标准化或测序。 建议 •确定基因组中预计会富集和缺失 ChIP 靶标的区域 •为这些区域设计引物,确保扩增效率为 90% 至 105% •如果不知道目标蛋白结合的特定区域或其是否在任何地方结合,可以进行 ChIP-western ...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
纯化得到的DNA通过ChIP-qPCR或ChIP-seq进行分析。在已知靶基因区域时,可针对该区域设计qPCR引物,通过ChIP-qPCR可进行快速的定量分析;若是不确定靶基因的情况下,可通过ChIP-seq来检测分析DNA片段。 以上即是ChIP实验的原理和一般实验流程,下期我们将进一步介绍ChIP相关内容,欢迎大家持续关注。汉恒生物专注病毒包装十余年...