在这个页面设计引物的时候,我们只要修改产物长度就行,我们只要100-150bp左右的产物就行,对于做ChIP-qpcr来说的话。因为如果你设计太长了,在你做ChIP的时候如果超声把DNA打的太短,你就验证不出来了。所以我们一般建议大家做qpcr验证的时候设计产物在100-15...
通常情况下,引物浓度应该在10-100 nM之间。过高的引物浓度可能导致非特异性结合,而过低的引物浓度则可能导致富集效率低下。 8. 引物验证 在使用新设计的Chip引物进行实验之前,建议进行一系列验证实验以确保其质量和特异性。这些验证实验可以包括体外PCR扩增、阳性对照实验以及与已知结果相比较的ChIP-qPCR等。 结论 ...
引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就...
Preci® mRNA qPCR 预验证引物对 外泌体试剂盒 siRNA 转染试剂 检测试剂盒 ELISA / EIA kit ELISA辅助试剂 ELISpot 蛋白芯片 其他检测试剂盒 抗体/蛋白/蛋白分析 抗体 流式抗体 蛋白多肽 蛋白抽提分离 蛋白定量 偶联标记试剂盒 抗体磁珠 细胞实验试剂
ChIP-qPCR和普通逆转录-qPCR的引物设计有很大不同。 普通逆转录 qPCR引物设计里一个很重要的原则是引物序列要跨内含子,目的就是把cDNA模板和genomic DNA模板区分开来,避免引物结合到残留的genomic DNA模板上,导致假阳性非特异性扩增信号。 而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位...
2️⃣ 1.5%琼脂糖凝胶电泳分析DNA片段大小。 3️⃣ ChIP-qPCR片段200-700bp,ChIP-seq片段300bp左右最佳。📌 ChIP后检测技巧: 1️⃣ 每启动子至少设计3对引物,确保准确性。 2️⃣ IP组vs IgG组,显著富集意味着蛋白结合启动子。 3️⃣ qPCR计算方法: ...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。 二、引物设计 2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。 对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预...