选择在三组数据中都有 peak 的区域,Zoom In。在有 peak 富集的区域选择 DNA 序列用来设计阳性对照的引物。对于你感兴趣的结合位点,可以先定位到基因,再根据 ChIP-Seq 的数据选择有 peak 富集的区域。 获取DNA 序列 获得DNA 序列了,就可以进一步利用 Primer 5 ...
◆ 引物设计要遵循以下原则 ◆ 01.引物长度一般在15-30bp; 02.引物GC含量一般为40%-60%; 03.引物所对应的模板序列的Tm值最好在50-65℃左右; 04.引物3’端不可修饰,而且避免出现3个以上的连续碱基、互补、二聚体或发夹结构; 05.引物5’端可以修饰; 06.碱基要随机分布,且引物自身和引物之间不能有连续...
获得DNA序列了,就可以进一步利用Primer 3等软件进行qPCR引物的设计,用Blast检验引物特异性。 对于阴性对照的引物,可按照同样的方法,选择没有Peak富集的区域进行设计。 引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不...
一般情况下,可以根据已发表文献的ChIP-seq数据,来获取目标区域的引物信息,但当文献中查不到所需要的引物时,我们可以根据目标蛋白结合的靶基因的区域进行设计,比如转录因子通常在启动子区域结合,我们可以在靶基因的启动子区进行引物设计。通常认为基因转录起始位点上游2kb属于基因的启动子区。不过为了保险起见,也可以在多...