点击edit-delect-delect all molecula,然后点击run-run autodock,在弹出的窗口中选择上一步保存的dpf文件,点击Lunch就会开始运行对接,等待至运行窗口关闭,即对接结束(图8)。 图8 运行分子对接 6) 结果分析 打开步骤2-5设置的AutoDock工作文件夹,其中有很多结构文件及中间运行文件,其中的.dlg文件为结果文件。打开结...
点击edit-delect-delect all molecula,然后点击run-run autodock,在弹出的窗口中选择上一步保存的dpf文件,点击Lunch就会开始运行对接,等待至运行窗口关闭,即对接结束(图8)。 图8 运行分子对接 6) 结果分析 打开步骤2-5设置的AutoDock工作文件夹,其中有很多结构文件及中间运行文件,其中的.dlg文件为结果文件。打开结...
Autodock Vina由于其使用的方便性,运行速度快且开源,已成为目前使用最广泛的分子对接软件之一。家人们,那么现在就让我们一起利用autodock vina实现以蛋白为受体的分子对接吧~, 视频播放量 4890、弹幕量 2、点赞数 115、投硬币枚数 44、收藏人数 343、转发人数 34, 视频作
使用Autodock Vina程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。 预备知识 分子对接的算法流程 将配体放置在受体口袋中,搜索/调整配体构象,获得可能的结合构象; 对每种结合构象进行打分评估,筛得若干最佳打分构象,称为姿势(Pose)或模式(Mode)。 定义口袋 该步骤的目的是告知程序在受体...
接下来我们打开AutoDockTools(ADT),打开我们前面保存的文件1E8Y_PYMOL.pdb。 这里,颜色显示方式,我们可以点击CL栏的下三角符号,可以通过不同方法按照颜色选择。比如下面的,通过原子类型。 关于什么颜色代表什么原子,如下: 如果我们前面没有用pymol去掉水分子,那么可以按照下图去掉水分子,因为我们我们需要修复结构,有时...
使用AutoDockTools为AutoDock Vina分子对接准备蛋白质分子文件, 视频播放量 2007、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 0、收藏人数 28、转发人数 6, 视频作者 盐城盐粒子, 作者简介 化学、物理、钢笔、硬笔、书法、摄影。,相关视频:用AutoDockTools为AutoDock Vina 分子对接
批量对接需要Linux平台,大家如果没有Linux,建议安装虚拟机或者双系统,在Linux下同样是先准备好auto dock vina和mgltools软件,后面做小分子文件转换还需要babel软件,这些软件的安装教程在他们的官网上都有,大家可以摸索着安装一下,我们下一节将介绍小分子批量对接的方法。
Autodock分子对接--2.蛋白和小分子的预处理(导出PDBQT) Autodock分子对接--完结撒花! 先看一下蛋白质相互作用关系数据库(如果无法打开属于网络问题,不要问我): 1.DIP 实验方法测定的蛋白质之间的相互作用。 2.BioGRID 主要收集模式生物物种中涉及的蛋白质间相互作用,是各种相互作用的数据集 ...
蛋白质-小分子分子对接：AutoDock预处理 在使用AutoDock做分子对接之前，首先应建立一个工作目录，以存放对接过程中所需要以及产生的文件。1.工作目录的建立 在D盘根目录下创建一个工作文件夹test（“D:\test\”）。从课程附件中下载对接需要的蛋白质分子和小分子的PDB文件：ad_protein.pdb和ad_ligand.pdb，存入...
Autodock分子对接--2.蛋白和小分子的预处理(导出PDBQT) Autodock分子对接--完结撒花! 先看一下蛋白质相互作用关系数据库(如果无法打开属于网络问题,不要问我): 1.DIP 实验方法测定的蛋白质之间的相互作用。 2.BioGRID 主要收集模式生物物种中涉及的蛋白质间相互作用,是各种相互作用的数据集 ...