4.灵活易用:支持命令行操作,方便结合脚本进行批量处理,并可根据用户需求调整对接参数。 01 ZDOCK 提供了网页版工具(https://zdock.wenglab.org/),方便用户进行在线蛋白-蛋白对接。通过网页版,用户可以快速提交两个蛋白质的结构文件(通常为PDB 格式),并获得 ZDOCK 预测的对接结果。网页版的优点在于无需本地安装软件...
DiffDock是一种基于深度生成模型(deep generative modeling)的蛋白-配体对接工具,它通过扩散生成模型(Diffusion Generative Model)模拟配体(小分子,如药物分子)与蛋白的相互作用。 相比传统的分子对接方法(如AutoDock、Rosetta等),DiffDock学习配体构象的分布,并通过逐步更新平移、旋转和扭转角度,从噪声中生成可能的配体对接...
依次点击单元格即可。 Multimeter:这是一个功能预测工具,同样需要谷歌账号。但有时候预测结果不太准确,肽链会飞出来折叠不起来。 Hpepdock:专门用于蛋白多肽对接。上传PDB或序列,留下邮箱等待结果即可。 Haddock:专门用于蛋白蛋白对接。同样上传PDB或序列,留下邮箱等待结果。 ZDOCK:也比较常用,但需要注意,需要提前把不...
如题，我在做蛋白-蛋白对接时使用了hawdock、zdock、gramm-x、cluspro2.0、Frodock、swarmdock等工具，...
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①选择蛋白:直接通过PDB数据库检索或输入PDB编号,选取目标蛋白的三维结构。 ②对接范围选择:系统自动推荐对接口袋或可选择全蛋白对接。 选择小分子:通过PubChem数据库检索或输入CID编号,挑选合适的小分子。 一键对接:设定参数后,点击开始对接,系统将自动完成分析并输出结果。
🔬 配体蛋白对接:在线工具轻松搞定! 在前两章中,我们深入了解了配体、受体以及蛋白活性中心的预测方法。🧬 现在,让我们来探讨如何利用在线工具实现配体蛋白的对接。 📊 首先,你需要准备好配体和受体的文件,以及一个box文件。然后,只需在在线工具中输入这些文件,并点击“submit”按钮,即可开始对接过程。🚀 🔍...
这个工具支持零基础,零代码,基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白对接分析,高清结果图可在论文中直接使用。 比如可以做文献中类似这样的图: 比如 再比如 使用方法小白化。 第一步:登录工具,页面简洁无比,顶部支持小分子,多肽,蛋白质和蛋白质的对接分析,分子哪个选哪个。
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