我们可以通过Analyze Protein Interface工具对蛋白蛋白对接结果的相互作用进行分析。我们选择pose1进行分析,首先将pose1的配体蛋白与受体蛋白合并为蛋白-蛋白复合物结构,在左侧工具栏中在Analyze Interaction下方点击Analyze Protein Interface,打开Analyze Protein Interface窗口; Input Protein Complex选择复合物文件,Ligand Chains...
1.快速高效:ZDOCK 采用 FFT 算法,可以快速计算配体和受体的对接姿态,适合大规模计算。 2.全局对接:ZDOCK 执行全空间搜索,不需要先验的结合位点信息,因此可以识别出蛋白质可能的结合区域。 3.高精度打分:通过多种物理和知识导向的打分函数,ZDOCK 能够提高对接预测的准确性。 4.灵活易用:支持命令行操作,方便结合脚本...
修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。 3.2 刚性对接 打开ZDOCK在线服务网页(https://zdock.umassmed.edu/)进行刚性对接。由于不清楚具体的作用残基(“盲对接”),所以勾选Skip residue s...
修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。 3.2 刚性对接 打开ZDOCK在线服务网页(https://zdock.umassmed.edu/)进行刚性对接。由于不清楚具体的作用残基(“盲对接”),所以勾选Skip residue s...
蛋白-蛋白对接教程(ICM-Docking)ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究 前言 本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构（PDB code：2sni）为例，将其中的配体分子（PDB code：2ci2）对接到受体分子（PDB code：2st1）中，比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象，熟悉蛋白-蛋白对接操作流程。一、准备...
Haddock:专门用于蛋白蛋白对接。同样上传PDB或序列,留下邮箱等待结果。 ZDOCK:也比较常用,但需要注意,需要提前把不同蛋白设置为AB链,不然结果会很奇怪。它是刚性对接,个人不完全推荐。 侯廷军组的一篇JCTC文章指出,Hpepdock和AutoDockCrankPep在蛋白多肽对接中表现最优。后者需要下载软件。 可视化工具:常用的有PyMOL和...
分子对接:autodock vina和 pymol蛋白处理、可视化 柒月玖玖玖诗 快速蛋白蛋白对接软件ZDOCK实操演示 不聪明的老夫子 免费蛋白-蛋白对接工具-GRAMM 不聪明的老夫子 da申 CADD分子对接蛋白-多肽对接的算法及绘制结构 AI模拟生物药物大佬 PYMOL可视化蛋白质-蛋白质分子对接 ...
让我们跟随步骤，一起见证这个过程。首先，导入并预处理受体和配体蛋白，移除水分子，保持电中性。在Dock Proteins (ZDOCK)界面，设置受体与配体结构，调整Angular Step Size（建议设置15°采样），并排除结合位点的残基。接下来，设置Filter Poses参数，如距离阈值和必需的结合位点氨基酸。利用Receptor Blocked...
蛋白 蛋白生成受体位图 1 寻找蛋白 蛋白可能的结合位点 定义格点搜索范围 Docking Protein protein Legacy Protocol Make Receptor Maps 2 输入 project 名称 DOCK1 3 键入格点范围 默认值 0 5 4 输入最大范德瓦尔斯值 默认值 1 0 六 蛋白 蛋白对接 在本机下运行作业 1 对接参数设置完成后 提交作业 Docking ...
我们这里可以直接打开我们下载的pdb格式的分子结构文件,如果是PDB数据库的蛋白,我们可以通过命令fetch 1e8y下载。1e8y是我们蛋白的 PDB ID。回车后就会在可视化窗口看见我们的蛋白结构。 或者通过File里面选择get PDB...,弹出窗口输入信息后点击下载。 如果窗口中不显示该结构的信息,我们在软件的右下角点一下S,就...