修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。 3.2 刚性对接 打开ZDOCK在线服务网页(https://zdock.umassmed.edu/)进行刚性对接。由于不清楚具体的作用残基(“盲对接”),所以勾选Skip residue s...
我们可以通过Analyze Protein Interface工具对蛋白蛋白对接结果的相互作用进行分析。我们选择pose1进行分析,首先将pose1的配体蛋白与受体蛋白合并为蛋白-蛋白复合物结构,在左侧工具栏中在Analyze Interaction下方点击Analyze Protein Interface,打开Analyze Protein Interface窗口; Input Protein Complex选择复合物文件,Ligand Chains...
ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。算法中快速傅里叶转化相关性技术被用于搜索蛋白-蛋白系统的平动和转动空间。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程,用于优化ZDOCK所寻找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型,并使用能量打分函数给这些结合构型打分。 本教程使用ZDOCK来进行蛋白对接的实验,并分析对接...
蛋白-蛋白对接教程(ICM-Docking)ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究 前言 本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构（PDB code：2sni）为例，将其中的配体分子（PDB code：2ci2）对接到受体分子（PDB code：2st1）中，比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象，熟悉蛋白-蛋白对接操作流程。一、准备...
蛋白-蛋白对接教程40ICM-Docking41 系统标签: docking对接蛋白icm教程构象 ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究前言本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构(PDBcode:2sni)为例,将其中的配体分子(PDBcode:2ci2)对接到受体分子(PDBcode:2st1)中,比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象,熟悉蛋白-蛋...
蛋白-蛋白对接教程(ICM-Docking)ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究 前言 本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构（PDB code：2sni）为例，将其中的配体分子（PDB code：2ci2）对接到受体分子（PDB code：2st1）中，比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象，熟悉蛋白-蛋白对接操作流程。一、准备...
让我们跟随步骤，一起见证这个过程。首先，导入并预处理受体和配体蛋白，移除水分子，保持电中性。在Dock Proteins (ZDOCK)界面，设置受体与配体结构，调整Angular Step Size（建议设置15°采样），并排除结合位点的残基。接下来，设置Filter Poses参数，如距离阈值和必需的结合位点氨基酸。利用Receptor Blocked...
对接结果分析及PyMOL可视化教程(二)#蛋白互作 第二节 对接可视化 1、打开PyMOL软件,File-open-打开上面导出的pdbqt文件(图1) 2、选中大分子蛋白点击右下角S,然后点击Selecting后面的红色文字,使其显示为 - Ai蛋白互作科研助手于20240903发布在抖音,已经收获了17个
分子对接(金属酶-蛋白对接)详细讲解 AI模拟生物药物大佬 33:29 分子对接:autodock vina和 pymol蛋白处理、可视化 柒月玖玖玖诗 1:20:35 Autodock Vina分子对接完整步骤 DS医学生 13:49 叮咚叮咚19525 35:00 用autodock vina进行多肽多糖多酚-蛋白对接论文讲解实操 ...
ICMPro进行蛋白蛋白对接研究前言本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构PDBcode2sni为例将其中的配体分子PDBcode2ci2对接到受体分子PDBcode2st1中比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象熟悉