4.灵活易用:支持命令行操作,方便结合脚本进行批量处理,并可根据用户需求调整对接参数。 01 ZDOCK 提供了网页版工具(https://zdock.wenglab.org/),方便用户进行在线蛋白-蛋白对接。通过网页版,用户可以快速提交两个蛋白质的结构文件(通常为 PDB 格式),并获得 ZDOCK 预测的对接结果。网页版的优点在于无需本地安装软...
细胞内各种重要的生理过程,如基因的复制,转录,翻译以及细胞周期调控和免疫反应等都是以蛋白质分子间相互作用为纽带进行的。分子对接方法是研究分子间相互作用与识别有效的计算机模拟手段,可为蛋白质工程,药物分子设计等提供有益的理论指导。下面我们介绍下四个蛋白质分子对接在线工具。 实验技能丨四个蛋白质分子对接在线...
有在线网站:http://hdock.phys.hust.edu.cn/ 方法也很简单,提交你的蛋白pdb文件,和核酸pdb文件即可; 而且无需指定结合位点; 3. NPDOCK 以上介绍的两个网站既可以做核酸-蛋白对接,也可以做蛋白-蛋白对接; 而NPDOCK是专门做核酸-蛋白对接的,网址:http://genesilico.pl/NPDock/submit 4. PRIME 这是个软件,去年...
使用介绍 ① 首页点击 Get started 进入工作页面: ② 按照顺序上传蛋白与配体(支持多种格式),随后点击提交: ③ 结果导出与可视化如下,右下角提供了部分美化选项(图形可拖动与放大):发布于 2023-07-30 11:15・IP 属地山西 内容所属专栏 分子对接技术 分子对接的工具、方法和应用等 订阅专栏 ...
科研者之家的分子对接工具支持零基础,零代码,基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白对接分析,高清结果图可在论文中直接使用。#科研者之家 #论文 #科研 #分子对接 - 科研者之家于20240722发布在抖音,已经收获了69个喜欢,来抖音,记录美好生活!
如题，我在做蛋白-蛋白对接时使用了hawdock、zdock、gramm-x、cluspro2.0、Frodock、swarmdock等工具，...
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①选择蛋白:直接通过PDB数据库检索或输入PDB编号,选取目标蛋白的三维结构。 ②对接范围选择:系统自动推荐对接口袋或可选择全蛋白对接。 选择小分子:通过PubChem数据库检索或输入CID编号,挑选合适的小分子。 一键对接:设定参数后,点击开始对接,系统将自动完成分析并输出结果。
这个工具支持零基础,零代码,基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白对接分析,高清结果图可在论文中直接使用。 比如可以做文献中类似这样的图: 比如 再比如 使用方法小白化。 第一步:登录工具,页面简洁无比,顶部支持小分子,多肽,蛋白质和蛋白质的对接分析,分子哪个选哪个。
,看看具体的互作位点,或者化合物与蛋白对接的结合位点…… 蛋白和化合物的分子对接也是一样的 : 或者是展示一下蛋白与DNA/RNA的结合序列 : 具体序列的结合差不多就是这样了 : 这个工具还是蛮有意思的,可以分析分析蛋白互作, 以及化合物和蛋白的分子对接,这个可比STRING来得直接得多了呢…… 好了,有兴趣的话可...