4、构建进化树 在主界面点击PHYLOGENY(树状图标)➡选第二个NJ邻接法建树 *最大似然法 (Maximum Likelihood) 和邻接法 (Neighbor-Joining) 是两种常见的建树方法两种方法之间的主要区别在于,最大似然法需要计算所有可能的树形状,因此对于大型数据集来说计算量很大,并且可能会受到计算资源的限制。而邻接法则是一种启发...
上一期已经给大家介绍根据基因或者蛋白ID在NCBI上进行BLAST并下载FASTA序列,然后将序列导入MEGA软件中进行比对,最后生成.meg的序列比对文件。 那么用这个文件是不是就能构建进化树呢,当然可以。方法也很简单,单击菜单【File】→【Open A File/Session】,打开上述.meg文件,点击工具栏中的【PHYLOGENY】→【Construct/Test ...
建树之前的两个工作。 第一步:下载软件 虽说版本都更新到X了,但小编还是比较喜欢用MEGA7这个版本,从官网上下载即可。这个版本的界面是酱紫的。 第二步:整理FASTA格式的文件 序列比对 (1)打开MEGA软件。点击Align→Edit/Build Alignment→create a new alignment→OK→DNA/Protein; (2)之后会弹出来这样的界面,点击...
通过进化树我们可以揭示生物进化历史、推断分类学关系、预测生物学特征等,在生物学中很常用,今天小果来分享一下用MEGA构建进化树的方法。 构建进化树的过程可以分为三个主要步骤:收集序列数据、进行多序列比对、利用比对结果建立进化树。以下是基于MEGA11.0.13软件的详细步骤: 1. 收集序列数据:本文以SOCS1基因为例,通...
通过比较生物大分子的差异所构建的系统树称为分子系统树。我们所研究的蛋白对应的基因,就是我的目的基因。构建进化树需要两步,第一步在ncbi网站上搜集与你的目的基因同源性高的序列,下载下来。第二步是将数据导入mega软件,经过算法分析,软件会帮你构建出来进化树。你就可以把图片copy下来,放到你的论文里了。
i iiitmih ilMIIIIIIII kiumiiiii3.构建系统进化树多序列比对窗口,点击 Data,选择Phy 6、logenetic Analysis,弹出窗口询问:所 用序列是否编码蛋白质,根据实际情况选择Yes或Noo此时,多序列比对文件就激活了,可以返回MEGA 5t界面建树了。r酸 M5: Alignment ExplorerData J Edit Search Alignment Web SequencerD Create...
第一步：搜集尽可能多的目标基因序列，包括核苷酸序列或氨基酸序列，理想的结果应包含15-20个物种，最初可以搜集30个序列作为备选。第二步：从数据库下载的FASTA格式的序列保存在一个txt文件中。第三步：将txt文件的后缀名改为fas。（建议复制一个副本，便于后续建树时删除不可用的序列。）第四步：在...
🌳如何用MEGA构建进化树? 🔍通过进化树,我们可以深入了解生物的进化历程,揭示它们的分类关系,甚至预测某些生物学特征。今天,就让我们一起来看看如何用MEGA软件构建一个进化树吧!🎉 📚构建进化树的过程其实可以分为三个主要步骤: 1️⃣ 首先,我们需要收集相关的序列数据。这些数据是构建进化树的基础,所以一定...
“MEGA是一款免费的生物信息学软件,可以用于分子进化的各个方面,包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件,MEGA还可以用于处理分子标记数据、SNP数据、基因组数据等。MEGA的界面友好,使用起来方便,同时还提供了广泛的教学资源和帮助文档。因此,MEGA被广泛应用于生物学、生物信...
1、下面以MEGA7为例来进行讲解,下面是下载地址,大家根据自己的系统进行下载即可。 http://www.megasoftware.net/ 图片 图片 2、序列的准备,必须是fasta结尾的格式,其他像txt格式,软件不能识别,以下以拟南芥SPL15基因的蛋白序列为例,进行同源序列查找 >NP_191351.1 SPL15 [organism=Arabidopsis thaliana] [GeneID=...