表观遗传分析2 染色质可及性 我们知道真核生物DNA是缠绕在8聚体组蛋白上,通过螺旋,折叠,最后封装成致密的染色体。DNA的复制核转录都需要将致密染色质结构打开,从而允许转录因子和其他调控元件结合DNA,这部分被打开的染色质,叫开放染色质区域(Open Chromatin Regin)包括启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件。
通过对小鼠以及人类的皮肤、脂肪组织、血液、脾脏等不同组织中CD45+免疫细胞的表观遗传景观和染色质可及性进行了分析,提供了对免疫细胞组织驻留的器官特异性适应、共享以及独特分子特征的新见解。
scATAC-seq,即单细胞染色质可及性测序,捕获细胞基因组open chromatin信息,是了解细胞基因转录调控一大利器。, 视频播放量 4546、弹幕量 0、点赞数 111、投硬币枚数 73、收藏人数 131、转发人数 18, 视频作者 scverse, 作者简介 生物信息学博士,公众号:生信编程自修室,
通常染色质可及性的变化是由一类先锋转录因子所起始(关于先锋转录因子研究实例,请点击查看:Nature Comm. | 金润博士等揭示花发育基因LEAFY的先锋转录因子特性及其生物学机制),随后 ‘开放的’ 染色质使得更多转录因子的结合成为可能,进而调控基因表达。 过去几十年来,染色质可及性图谱的研究方法的发展主要围绕染色质...
文章同时进行了SnRNA-seq和SnATAC-seq测序,以描述成人肾脏的转录和染色质可及性情况。 分析表明,SNRNA-SEQ和SnATAC-SEQ是确定细胞特性的可比方法,而特定细胞类型的染色质可及性提供了进一步阐明细胞异质性的额外信息。多模式单细胞图谱(“多组学”)极大地提高了检测独特细胞类型和状态的能力。
作者们发现在不同的组织中调节性T细胞与组织驻留的免疫细胞中存在共享的组织适应性。为了对其中一个共享的组织适应性程序进行评估,作者们对Tfh类似细胞中染色质可及性进行刻画。在非组织调节性T细胞中与组织调节性T细胞共享特征在一个相对来说...
2,疾病模型的ATAC-Seq分析染色质可及性发现CLL的异质性以及特征性样品的变异。 3,高通量测序结合生信分析连接临床注释和染色质区基因调控核心域特征性差异。 关键词: 染色质可及性 :Chromatin Accessibility:不同的细胞生命进程中染色质的结构与功能与基因调控之间的具有密切关系,除了异染色质中紧密结合区域外。需要...
因为染色质可及性可以在单细胞水平被映射,这个方法可以进一步能够以单细胞分辨率同时执行CAR-T整合位点分析和染色质可及性分析。 在具有预定义整合位点的克隆细胞中对EpiVIA整合位点分析的验证 作者通过在克隆环境中将EpiVIA的预测与LM-PCR技术进行的整合位点分析进行比较,来检查EpiVIA是否能够可靠地检测到慢病毒整合事件...
基于常规转录组(bulk rna)的数据进行染色质可及性(ATAC)的常规分析流程。代码仅供参考。 01.质控 和别的组学一样,拿到原始fastq数据的第一步时进行质控处理,这里可以选择的软件是trim_galore或者trimmomatic。首先需要去相关软件的官网或者是其他教程介绍中下载相应的软件。对于trim_galore,参考代码如下: nohup trim_ga...
全基因组水平研究染色质可及性的方法 对于染色质可及性的研究,始于发现染色质上不同区域DNA序列对DNase酶的敏感性存在差异,失去核小体保护的DNA序列相对于缠绕在核小体上的DNA序列更容易与核酸酶结合并切割,进而表现出对DNase酶的高度敏感性。这些对脱氧核糖核酸酶I(DNase I)内切酶高度敏感的基因组区域就称为DNase...