操作简单,稳定性高。 ATAC-seq应用 协助识别远端调控元件 识别顺式调控因子对染色质状态的影响 提供发育过程全面的染色质动态视角 提供染色质状态在细胞分化过程中动态视角 识别细胞型特异性染色质可及性模式 在单细胞水平上研究许多样本类型的生物学变异 ... ATAC-seq,分析流程 原始测序reads的质量控制; 序列比对; ...
使用单细胞分辨率在慢病毒整合位点映射宿主染色质的可及性状态 接下来,作者检查了单个细胞整合位点上宿主染色质的可及性状态。发现通过EpiVIA测得的整合事件中约有10%(19/193)共定位在总scATAC-seq或散装ATAC-seq分布图的开放染色质区域内,而大多数检测到的整合事件似乎并未发生本构关系开放的染色质区域。 为了进一...
通常染色质可及性的变化是由一类先锋转录因子所起始(关于先锋转录因子研究实例,请点击查看:Nature Comm. | 金润博士等揭示花发育基因LEAFY的先锋转录因子特性及其生物学机制),随后 ‘开放的’ 染色质使得更多转录因子的结合成为可能,进而调控基因表达。 过去几十年来,染色质可及性图谱的研究方法的发展主要围绕染色质...
在这里,我们开发了一种用于小鼠胚胎成纤维细胞的改良的MNase-seq,其中使用微球菌核酸酶(MNase)在多次消化时间内部分消化染色质,允许定量分析局部但全基因组的染色质压实。我们的研究结果提供了强有力的证据,证明启动子区域的染色质可及性与基因活性呈正相关。总之,从染色质可及性的角度来看,我们的分析是定量研究基因...
全基因组水平研究染色质可及性的方法 对于染色质可及性的研究,始于发现染色质上不同区域DNA序列对DNase酶的敏感性存在差异,失去核小体保护的DNA序列相对于缠绕在核小体上的DNA序列更容易与核酸酶结合并切割,进而表现出对DNase酶的高度敏感性。这些对脱氧核糖核酸酶I(DNase I)内切酶高度敏感的基因组区域就称为DNase...
1)成人肾脏中的单细胞转录和染色质可及性分析 snRNA-seq基于谱系特异性标记的表达(图1c,补充图1b),鉴定了肾皮质内所有主要细胞类型(图1b,补充图1a)。检测了近端小管(PT)、壁上皮细胞(PEC)、粗升肢(TAL)、远端小管(DCT1、DCT2)...
单细胞染色质可及性全貌识别人类调节性 T 细胞中的组织修复程序 229 -- 36:43 App HPA轴所有三个成分的单细胞分子谱分析显示肾上腺ABCB1是压力适应的调节剂 360 -- 29:49 App 单细胞RNA测序分析可识别CD8+ T细胞亚群的异质性和黑色素瘤的新型治疗靶标 1266 -- 38:30 App 如何使用Harmony整合单细胞数据 ...
2,疾病模型的ATAC-Seq分析染色质可及性发现CLL的异质性以及特征性样品的变异。 3,高通量测序结合生信分析连接临床注释和染色质区基因调控核心域特征性差异。 关键词: 染色质可及性 :Chromatin Accessibility:不同的细胞生命进程中染色质的结构与功能与基因调控之间的具有密切关系,除了异染色质中紧密结合区域外。需要...
染色质可及性重构对于基因表 达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用.因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解 析具有十分重要的意义.近几年,随着高通量测序技术的进步以及测序成本的降低,基于高通量测序技术的染色质可及性 分析方法得到了迅速发展.目前观察和分析全基因组染色质开放...
文章同时进行了SnRNA-seq和SnATAC-seq测序,以描述成人肾脏的转录和染色质可及性情况。 分析表明,SNRNA-SEQ和SnATAC-SEQ是确定细胞特性的可比方法,而特定细胞类型的染色质可及性提供了进一步阐明细胞异质性的额外信息。多模式单细胞图谱(“多组学”)极大地提高了检测独特细胞类型和状态的能力。