通常染色质可及性的变化是由一类先锋转录因子所起始(关于先锋转录因子研究实例,请点击查看:Nature Comm. | 金润博士等揭示花发育基因LEAFY的先锋转录因子特性及其生物学机制),随后 ‘开放的’ 染色质使得更多转录因子的结合成为可能,进而调控基因表达。 过去几十年来,染色质可及性图谱的研究方法的发展主要围绕染色质...
目前研究染色质可及性的方法主要是将酶切法或物理化学方法与NGS技术结合,检测染色质开放或受保护的区域。常用的方法有脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序(DNase I hypersensitive site sequencing,DNase-seq)、 微球菌核酸酶测序(micrococcal nuclease sequencing,MNase-seq)、甲醛辅助分离调控元件测序(formaldehyde-assisted isola...
总体而言,ATAC-Seq技术简单快捷,只需要更短的样品准备时间和更少的细胞数量就可以高质量地分析染色质的可及性,识别基因组中活跃的调控序列。ATAC-Seq已用于确定给定细胞环境中的基本可及染色质区域,以及确定两个细胞状态之间的差异可及区域。它迅速应用于干细胞、早期胚胎和各种肿瘤细胞基因表达的动态研究,为揭示染色体...
scATAC数据库不能始终覆盖编码区突变,因此研究人员开发了GTAC(基因型分型结合转座酶可及性染色质区域分析方法,Genotyping with the Assay for Transposase-Accessible Chromatin)来对同一个细胞同时进行多个驱动突变的基因型分型和高质量的染色质可及性分析。
与已有的方法不同,Alleloscope可应用于低覆盖率的scDNA测序数据,也可应用于scATAC测序数据和样本匹配的大量DNA测序数据,且不需要外部单倍型定相,使等位基因特异性拷贝数和染色质可及性的联合分析成为可能。 图1. Alleloscope 对单个细...
基于临床样本的染色质可及性数据分析方法.pdf,本申请涉及一种基于临床样本的染色质可及性数据分析方法,以ATAC‑seq测序数据的研究作为出发点,以临床样本的应用为着眼点,构建了一个整合多种功能的ATAC‑seq测序数据分析流程。该流程既包含对单个临床样本的ATAC‑seq
与现有的多聚腺苷化转录物捕获方法相比,对细胞类型特异性调控元件和总RNA表达的综合分析揭示了大脑中全面的细胞类型异质性。基于染色质可及性分析的基因调控网络提供了一种改进的细胞类型通信模型。最后,该研究证明了Microwell-seq3可以识别老年小鼠自发性肺肿瘤中的恶性细胞及其特异性调控。研究人员设想Microwell-seq3在...
一种基于峰聚类的单细胞染色质可及性测序数据分析方法和系统,所述方法包括:将单细胞染色质可及性测序数据与相应的生物样本基因组数据进行比对获得比对结果,并在所述比对结果的基础上寻峰,并计算每个峰内读数,得到细胞*峰的读数矩阵;计算细胞*峰的读数矩阵中峰与峰之间
本申请涉及一种基于临床样本的染色质可及性数据分析方法,以ATACseq测序数据的研究作为出发点,以临床样本的应用为着眼点,构建了一个整合多种功能的ATACseq测序数据分析流程.该流程既包含对单个临床样本的ATACseq测序数据进行初步分析,也可对多组临床样本的ATACseq测序数据进行全面分析,更包含了临床研究所需的转录因子分...