整理自Cross-species RNA-seq for deciphering host–microbe interactions。图表均来自该论文。引用的论文请根据[]中的标注回原文查找。nature.com/articles/s41 摘要 人体总是暴露在微生物中,这需要人体细胞和各种共生细菌或致病菌之间的多种相互作用。互作细胞的细胞状态对这些接触的结果是决定性的,例如是否诱导细菌毒...
希望组-RNA-seq介绍 转录组:特定组织或者细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合,转录组能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病分子机理。 传统的PCR方法、基因芯片(Microarray)方法一次只能研究有限个数基因的表达,但是转录组测序(RNA-seq)一次可以获取特定状态下所有基因的...
伴随着对非编码转录本的重新思考,长期以来被认为仅仅是RNA-seq分析的副产物,揭示了对宿主-微生物相互作用的重要见解。 目前的第三阶段的特点是越来越多地使用单细胞RNA seq(scRNA seq)来分析宿主-微生物相遇中的细胞异质性。 什么是RNA seq技术? RNA-seq即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映...
微生物功能基因组学Differential RNA-seq_ the approach behind and the biological insight gained.pdf,Available online at ScienceDirect Differential RNA-seq: the approach behind and the biological insight gained ¨ Cynthia M Sharma and Jorg Vogel RNA-sequenc
我有一组RNA-seq的测序数据,(WT组和在某条件下组),测序完了,分析了一下,没有太新颖的东西,一些上调下调的基因,在其他细菌里有报道过,但在我做的细菌里没有报道过,我想做一点这方面的,其他的,上调基因,我也可以解释得通,除了这些,我没有其他更新颖的发现了,
2.2 RNA-Seq数据概况 为了获得Foc4在外源氧化胁迫条件下的基因表达变化概况,利用RNA-Seq技术分析了H2O2 (10 μmol/mL)处理5 h的Foc4野生型B2菌株与未处理的对照样品的基因表达差异。共分离了6个RNA样品,分别是对照样品的3个生物学重复和H2O2 (10 μmol/mL)处理5 h样品的3个生物学重复。将对照样品的3个生物...
我有一组RNA-seq的测序数据，（WT 组和在某条件下组），测序完了，分析了一下，没有太新颖的东西，...
摘要:[目的] 利用RNA-Seq,分析人巨噬细胞在牛痘病毒(VACV)感染前后基因表达的变化,探索牛痘病毒与宿主细胞相互作用的机制。[方法] 用牛痘病毒感染人巨噬细胞,采用RNA-Seq比较感染组和对照组的差异表达基因,并进行KEGG、GO以及STRING网络分析。[结果] 感染组与对照组相比,筛选出显著性差异表达基因4796个,其中上调...
单细胞测序网讯:8月23日,浙江大学王永成研究员课题组在Nature Communications杂志发表了题为“Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq”的研究论文,报告了一种基于液滴的高通量单微生物RNA-seq测定方法——smRandom-seq。
先以临床肠胃功能疾病研究为背景,简单举个栗子:先通过RNA-seq联合微生物多样性检测,挖掘细菌的功能DNA并评估遗传潜力,在转录组层面探究肠道微生物和宿主的基因表达互作模式;随后配合后续的蛋白组实验检测酶活力,探究消化环节的催化反应机制;再借助代谢组手段探究生物合成途径和最终的代谢产物,用以分析消化吸收功能。以上通...