使用空间转录组unmapped read方法和PathSeq方法来分析空间微生物组。 样本来源 visium数据(结直肠癌(CRC)和口腔鳞状细胞癌(OSCC)) 运行PathSeq时,可以识别组织外微生物组的存在。 在比较OSCC和CRC样本中由PathSeq和未映射的read方法得出的微生物组分布时,未映射的read方法得出了更高的微生物组RNA评分,因为它计算的是R...
我有一组RNA-seq的测序数据,(WT组和在某条件下组),测序完了,分析了一下,没有太新颖的东西,一些上调下调的基因,在其他细菌里有报道过,但在我做的细菌里没有报道过,我想做一点这方面的,其他的,上调基因,我也可以解释得通,除了这些,我没有其他更新颖的发现了,
我有一组RNA-seq的测序数据，（WT 组和在某条件下组），测序完了，分析了一下，没有太新颖的东西，...
摘要:[目的] 利用RNA-Seq,分析人巨噬细胞在牛痘病毒(VACV)感染前后基因表达的变化,探索牛痘病毒与宿主细胞相互作用的机制。[方法] 用牛痘病毒感染人巨噬细胞,采用RNA-Seq比较感染组和对照组的差异表达基因,并进行KEGG、GO以及STRING网络分析。[结果] 感染组与对照组相比,筛选出显著性差异表达基因4796个,其中上调...
使用空间转录组unmapped read方法和PathSeq方法来分析空间微生物组。 样本来源 visium数据(结直肠癌(CRC)和口腔鳞状细胞癌(OSCC)) 运行PathSeq时,可以识别组织外微生物组的存在。 在比较OSCC和CRC样本中由PathSeq和未映射的read方法得出的微生物组分布时,未映射的read方法得出了更高的微生物组RNA评分,因为它计算的是...