6.2 双重(Dual)RNA-seq 6.3 三重(Triple)RNA-seq 6.4 全(omni)RNAseq 7. 单细胞(single-cell)RNAseq 7.1 真核scRNA-seq 7.2 细菌scRNA-seq 8.总结与展望 整理自Cross-species RNA-seq for deciphering host–microbe interactions。图表均来自该论文。引用的论文请根据[]中的标注回原文查找。nature.com/artic...
传统的PCR方法、基因芯片(Microarray)方法一次只能研究有限个数基因的表达,但是转录组测序(RNA-seq)一次可以获取特定状态下所有基因的表达情况,同时转录组测序还能发现之前没有报道过的新基因或者新转录本。 全长转录组除了可以研究基因的表达情况,还可以研究基因的转录产物(转录本)的表达情况,以及转录本的结构差异。 图...
因此,一个真正全面的全局表达分析通常需要使用基于RNA-seq的技术,如差异RNA-seq(dRNA-seq;最初应用于革兰氏阴性菌,如幽门螺杆菌和沙门氏菌enterica,后来应用于革兰氏阳性菌,如肺炎链球菌),以全局定位转录起始位点或终止序列(Term-seq)或末端富集RNA序列(Rend-seq), 以确定转录终止位点。 这些参考转录组现在可用于...
在物种丰度评估水平上,总RNA-Seq的平均准确度起初低于宏基因组,但迅速提高,直到接近相等。包含或不包含测序方法(宏基因组/总RNA-seq)作为二元自变量的线性模型之间的部分F检验证实,对于除物种丰度外的所有评估水平,模型中加入测序方法显著提高了欧氏距离预测(属丰度: Pseq < 0.001, 属-P–A: Pseq < 0.001, 种...
研究利用RNA测序技术对人类精子微生物组进行分析,利用人类精子RNA-seq数据评估射精内相关微生物组多样性的能力。 Wayne州立大学医学院,CReATe生育力中心和马萨诸塞州Amherst大学的研究团队发表的一项新的合作研究首次深入研究了利用RNA测序技术对人类精子微生物组进行分析,识别其中的致病细菌定植和污染。
微生物功能基因组学Differential RNA-seq_ the approach behind and the biological insight gained.pdf,Available online at ScienceDirect Differential RNA-seq: the approach behind and the biological insight gained ¨ Cynthia M Sharma and Jorg Vogel RNA-sequenc
RNA 测序分析显示,TB 患者和健康对照者的 rsRNAs 表达水平存在差异,血浆外泌体 Small RNA-seq 进一步验证了 TB 患者中 rsRNAs 水平更高。在独立队列中,16 S-L1 和 16 S-L2 这两种低丰度 rsRNAs 对结核病诊断具有良好价值,二者联合诊断的 AUC 为 0.7197 。
近日,微远基因自主品牌国产基因测序仪VisionSeq 1000(国械注准20223220609)获得国家药品监督管理局(NMPA)批准,成为国内首家病原微生物领域基因测序仪覆盖DNA与RNA测序企业。 VisionSeq 1000测序仪采用联合探针锚定聚合测序技术,在临床上用于对来源于...
当在受体组织的RNA-Seq库中检测到其从源组织读取的相应RNA-Seq读段时,转录本被定义为可移动。产生可以在砧木和接穗之间运输的转录本的基因被认为具有嫁接可传递的转录本。在两个生物学重复中必须至少检测两次移动转录本。根据SNP信息,在根瘤菌接种后的不同阶段,从这两套嫁接材料中共鉴定出4,552个产生嫁接可传播转...
该团队研究了我国常见5个癌种及健康人近300例血浆的cfRNA样本,证明了人类来源的cfRNA可以很好地发现早期的癌症。同时,RNA-seq数据经不同的生物信息计算方法均发现特定的人类和微生物来源的转录组与特定癌种相关,将两类指标结合在一...