Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站 一、Metascape简介 Metascape(http://metascape.org/) 是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中,以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或蛋白质...
6.g:Profiler,基因富集分析主要用到g:Profiler中的g:GOSt小工具,涉及到的功能注释数据库除了常见的GO和KEGG,还有Reactome、WikiPathways、TRANSFAC、miRTarBase、Human Protein Atlas等。 工具链接: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost 7.WebGestaltWEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit(WebGestalt)是一个综合的功...
值得注意的是,DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因,单个基因富集不到有意义的通路或者功能;DAVID网站的gene list限制输入不超过3000个基因;输入格式是每行一个基因名或者基因名用逗号隔开。 Step2中选择'OFFICIAL_GENE_SYMBOL', Step3中选择'Gene list'。 点击提交列表,跳转界面。 点击“Gene_Ontology”进行GO分析(...
新版本的Metascape可以分析多种模式生物的基因,用户只需输入基因或蛋白质名称(很多基因名均可识别),就可以借助Metascape网站快速获得基因注释、基因功能、基因分类、富集的通路以及蛋白质相互作用网络(可导入Cytoscape再处理)。这对于大多数的日常分析需求来说已经足够了。 三、Metascape的使用 数据上传 在Metascape主页,用户...
在进行差异基因表达分析时,得到显著差异基因后,接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析, 今天就来介绍一下如何使用在线分析工具DAVID与KOBAS的进行KEGG通路富集分析…
网站:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert 该网站除了富集分析之外,还有三个重要功能,其中ID...
其官网地址为http://kobas.cbi.pku.edu.cn/,在线进行富集分析请访问:http://kobas.cbi.pku.edu....
富集(Enrichment)——对基因列表的功能富集分析,识别具有统计意义的通路。最新的版本还包括蛋白质网络分析,可以用来识别和获取具有紧密连接的蛋白质网络元件 (如Oct4、Sox2和Nanog网络)。 新版本的Metascape可以分析多种模式生物的基因,用户只需输入基因或蛋白质名称(很多基因名均可识别),就可以借助Metascape网站快速获得...
富集分析联合 logFC:就是在富集分析的基础上,利用提供的分子的 logFC,计算每个条目对应的 zscore,...
在线GO富集分析 给大家推荐一个进行在线GO富集分析的网站 GOrilla:http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/可以针对几种比较常见的动植物进行GO富集分析。 1、第一步是选定物种,下拉列表中的物种涉及了以下几种: Arabidopsis thaliana 拟南芥 Saccharomyces cerevisiae 酿酒酵母 ...