用途:用于绘制GO或KEGG条形图;可以用于绘制通路之间相关关系网络图和PPI图,且绘制出的该类图片可以用Cytoscape打开编辑。 是一个功能强大的基因功能注释分析工具,可以批量对基因和蛋白质进行功能注释以及富集分析,同时也可以用于构建PPI网络,导出的图形可以直接在Cytoscape中进行调整。该网站每个月更新一次,2019年该网站的...
2.KEGG数据库官网:http://www.genome.jp/kegg/ image.png image.png (1)KEGG rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)# 读取3个软件的差异分析结果load(file="data/Step03-limma_voom_nrDEG.Rdata")limma_DEG<-nrDEGload(file="data/Step03-DESeq2_nrDE...
选择性分析 12.当然,你也可以选择自己仅需要的分析,那么点击Custom Analyasis 打开网易新闻 查看精彩图片 13.点击富集,选择GO的三个MF,BP,CC,以及KEGG通路分析,上面的参数自己可以根据实际情况调节一下,然后选择富集分析 打开网易新闻 查看精彩图片 14.然后就分析完成了 打开网易新闻 查看精彩图片 15.点击查看富集结...
clusterProfiler包是最常用的富集分析R包，每次分析均抓取GO与KEGG最新数据。Enrichtool在线工具即是封装了R...
一、分析基本原理 二、物种蛋白质组序列准备 三、背景集注释 四、目的基因集注释与作图 一、分析基本原理自行学习, 也可登录以下网站进行学习OmicShare Tools -基迪奥生信云工具 (https://www.omicshare.com/tools/) 1 简析KEGG分析和GO分析 GO分析和KEGG分析是生物信息学中常用的两种方法。它们都是用来研究基因功能...
如下图所示,在功能富集分析的结果中有多个折叠栏,其中Gene_Ontology (3 selected)这一折叠栏中有三个栏目(蓝框):GOTERM_BP_FAT、 GOTERM_CC_FAT、 GOTERM_MF_FAT就是是我们想要的GO功能富集分析结果。而Pathways (3 selected)里面有一个KEGG_PATHWAY(蓝框)就是我们想要的结果。如何找到BP、CC、MF和KEGG对应...
GO与KEGG富集分析,往往同时出现在不同场合,DAVID其实就可以做GO与KEGG富集分析,但相比之下,KOBAS画出的图更赏心悦目,但KOBAS不支持直接输入gene symbol ,所以我们常常联合使用DAVID和KOBAS。 除此之外,他们还有其他很多强大的功能,路漫漫其修远兮,和小博一起慢慢探索吧。
在进行差异基因表达分析时,得到显著差异基因后,接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析,今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS。 Step1:打开网站https://david.ncifcrf.gov/ ,进入DAVID首页,然后点击Start Analysis; ...
GO与KEGG富集分析,往往同时出现在不同场合,DAVID其实就可以做GO与KEGG富集分析,但相比之下,KOBAS画出的图更赏心悦目,但KOBAS不支持直接输入gene symbol ,所以我们常常联合使用DAVID和KOBAS。 除此之外,他们还有其他很多强大的功能,路漫漫其修远兮,和小博一起慢慢探索吧。
相比于富集分析条形图,富集分析气泡图可展示的数据维度更多,比如横坐标对应富集因子,气泡的大小对应富集到的目的基因数,气泡的颜色对应Qvalue的对数值。 除此之外,我们也可以直接选择查看感兴趣的pathway map,如果目的基因文件包含差异基因信息也会在KEGG富集分析的pathway map上体现,如下图,红色表示上调,绿色表示下调。