6.g:Profiler,基因富集分析主要用到g:Profiler中的g:GOSt小工具,涉及到的功能注释数据库除了常见的GO和KEGG,还有Reactome、WikiPathways、TRANSFAC、miRTarBase、Human Protein Atlas等。 工具链接: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost 7.WebGestaltWEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit(WebGestalt)是一个综合的功...
首先介绍DAVID网站的功能注释工具,点击“Functional Annotation”,在Step1中输入我们准备好的20个差异基因,按照步骤输入。值得注意的是,DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因,单个基因富集不到有意义的通路或者功能;DAVID网站的gene list限制输入不超过3000个基因;输入格式是每行一个基因名或者基因名用逗号隔开。 Step2...
Metascape(http://metascape.org/) 是一个功能强大的基因功能注释分析工具,能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中,以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或蛋白质进行注释、富集分析以及构建蛋白质-蛋白质互作网络。并且构建的蛋白...
富集(Enrichment)——对基因列表的功能富集分析,识别具有统计意义的通路。最新的版本还包括蛋白质网络分析,可以用来识别和获取具有紧密连接的蛋白质网络元件 (如Oct4、Sox2和Nanog网络)。 新版本的Metascape可以分析多种模式生物的基因,用户只需输入基因或蛋白质名称(很多基因名均可识别),就可以借助Metascape网站快速获得...
基因富集分析详解 1、输入基因列表,建议直接从excel中复制,检索方式选第一个能够减少 g:Profiler 检索...
富集分析联合 logFC:就是在富集分析的基础上,利用提供的分子的 logFC,计算每个条目对应的 zscore,...
在分析项目方面,这两个工具都可以进行GO和KEGG富集分析。在可视化方面,Metascape可以输出条形图和网络图...
g:Profiler主要包括四个功能模块:g:GOSt对基因集进行富集分析;g:Convert基因ID转换工具;g:Orth不同...
介绍了如何使用metascape进行基因富集分析,并对结果表格进行了详细说明,帮助用户更好地理解富集结果,并在微生信平台进行作图。
某个基因蛋白质Domain Analysis结构域,Protein-Protein Interactions蛋白质相互作用,GO Enrichment Analysis富集分析,共表达分析等等 一、寻找一个蛋白质 BCAR2,我们在ncbi网站中找到相关的某个基因的protein进入到网址中,找到相关的蛋白质的序列信息fasta https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AAB07223.1?report=fasta...