6.g:Profiler,基因富集分析主要用到g:Profiler中的g:GOSt小工具,涉及到的功能注释数据库除了常见的GO和KEGG,还有Reactome、WikiPathways、TRANSFAC、miRTarBase、Human Protein Atlas等。 工具链接: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost 7.WebGestaltWEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit(WebGestalt)是一个综合的功...
输入网址后进入网站主页,DAVID网站左侧区域是其四个常用的工具,而常用的是功能注释和ID转换工具。 操作步骤 首先介绍DAVID网站的功能注释工具,点击“Functional Annotation”,在Step1中输入我们准备好的20个差异基因,按照步骤输入。值得注意的是,DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因,单个基因富集不到有意义的通路或者功...
输入网址后进入网站主页,DAVID网站左侧区域是其四个常用的工具,而常用的是功能注释和ID转换工具。 操作步骤 首先介绍DAVID网站的功能注释工具,点击“Functional Annotation”,在Step1中输入我们准备好的20个差异基因,按照步骤输入。值得注意的是,DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因,单个基因富集不到有意义的通路或者功...
首先介绍DAVID网站的功能注释工具,点击“Functional Annotation”,在Step1中输入我们准备好的20个差异基因,按照步骤输入。值得注意的是,DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因,单个基因富集不到有意义的通路或者功能;DAVID网站的gene list限制输入不超过3000个基因;输入格式是每行一个基因名或者基因名用逗号隔开。 Step2...
是专注于基因功能注释和富集通路分析的⽹站。DAVID⽹站 界⾯介绍 先看第⼀个⽹站——DAVID⽹站,官⽅⽹址为:https://david.ncifcrf.gov/。输⼊⽹址后进⼊⽹站 主页,DAVID⽹站左侧区域是其四个常⽤的⼯具,⽽常⽤的是功能注释和ID转换⼯具。操作步骤 ⾸先介绍DAVID⽹站的...
Enrichment: 对于富集分析的参数及cut-off值可以进行更改设置,然后点击“Enrichment Analyze”进行分析,结果和点击“Express Analyze”后的结果是一致的。 宝贝评价 Metascape数据库用起来还是不错的,做基因功能注释丝毫不差于DAVID网站,最主要的是网站更新较快,操作简单。想做功能注释的小伙伴,赶紧行动起来吧!
Enrichment: 对于富集分析的参数及cut-off值可以进行更改设置,然后点击“Enrichment Analyze”进行分析,结果和点击“Express Analyze”后的结果是一致的。 宝贝评价 Metascape数据库用起来还是不错的,做基因功能注释丝毫不差于DAVID网站,最主要的是网站更新较快,操作简单。想做功能注释的小伙伴,赶紧行动起来吧!