第1列:基因所属基因集的名字,可以是通路名字,也可以是自己定义的任何名字。 第2列 :一般是描述信息,说明这套基因列表从哪里收集的,官方提供的是URL格式。可以为空或者用NA表示,也可以是任意字符串。 第3列-第n列:基因集内所有基因的名字,有多少个就有多少列。每一行的列数可以不一样,因为基因集内的基因数量...
这些都离不开生物学功能数据库,但是数据库不仅仅是GO/KEGG哦,目前最齐全的应该是属于 MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 包括H和C1-C7八个系列(Collection),每个系列分别是: H: hallmark gene sets (癌症)特征基因集合,共50组,最...
基因组数据集包含了该物种所有基因组信息,包括基因结构、基因功能、基因表达、基因调控等方面的信息。基因组数据集的建立可以为生命科学研究提供重要的数据支持,有助于揭示基因组结构和功能的本质,加深对生命科学的认识。 基因组数据集的建立是一个复杂的过程,需要进行多步骤的数据处理和分析。首先,需要对该物种的基因...
化合物/基因/信号通路干扰的差异表达基因集,一般分为UP/DN两类。收集的signature数据主要来自于文献。 gset = clusterProfiler::read.gmt("msigdb_v7.5.1_GMTs/c2.cgp.v7.5.1.symbols.gmt") head(gset) head(unique(gset$term)) 3.2 CP: Canonical pathways ...
Gene Set Enrichment Analysis,中文名称为基因集富集分析,是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法,在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。本章主要介绍这个数据库,官网如下 http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp ...
当地时间2023年11月30日,英国生物数据库UK Biobank公布了迄今为止世界上最大的全基因组序列(whole-genome sequence)数据集,包含近50万人的基因数据。这些数据将通过UK Biobank的云平台向全世界的申请者开放。“对于从事健康研究的科学家来说,这个数据库毫无疑问是一个宝库。我期待全球的研究者们可以通过它做出诊断...
基因公共数据集含有常用参考注释文件、大型科研项目数据、以及最新测序平台标准等有价值的数据文件,阿里云建立集中开放的共享环境,免除数据重复下载和拷贝,同时借助阿里云的计算规模和产品技术,用户可以立刻开始分析研究工作。
31个已有的 生物学功能基因集数据库 我简单看了看,就KEGG数据库我比较熟悉,作者自己说它这个数据集是这些其它数据库资源的集大成者,包括: protein interactions signaling reactions metabolic reactions gene regulations genetic interactions drug-target interactions ...
Pagoda2是一个专门设计出在从scRNA-seq数据中检测细胞异质性的计算框架。该方法对每个细胞拟合一个误差模型来描述其特性,然后对细胞中每个基因的残差进行再归一化。最后,利用每个基因的第一加权主成分对整个基因集打分从而对功能通路进行量化。有一篇发表在Comput Struct Biotechnol J(IF:7.3)杂志上的文章综合评估了7种...