整合和简化了包括TCGA,ICGC以及GEO等多个癌症基因组数据库的内容,提供友好可视化的界面,可供下载。 主要展示基因的somatic 突变谱,拷贝数变化,mRNA&miRNA表达量变化,DNA甲基化以及蛋白质表达的情况,并结合患者的临床资料,展示了KM生存曲线。 2.>OncoLnc:www.oncolnc.org 这是一个整合了TCGA的各种RNA数据和患者临床数...
使用OmicsTools的自动下载模块或者GEOquery R包都是没法直接下载提取到数据集的基因表达矩阵的,比如给的该series_matrix的表达矩阵文件大小只有几KB,这种情况下的series_matrix里基本上是没有基因表达矩阵数据的,文件大小太小了,一个有效的series_matrix.txt.gz文件大小应该在1M以上,这样的文件里才可能有有效的基因表达...
#下载数据集,跟一般shell命令不一样aws s3--no-sign-request cp s3://gnomad-public-us-east-1/release/3.1/vcf/genomes/gnomad.genomes.v3.1.sites.chrY.vcf.bgz dest_dir 4、其他&注意事项 目录后面一定要加/,否则无法列出桶里面的内容 传输的目的地不能是另外一个桶只能是本地的路径,否则会出现[Errno ...
3473 -- 7:29 App 1.GTEX数据的下载代码详解 1294 -- 5:45 App 2.泛癌中数据的提取和id的转换分析代码详解 419 -- 2:36 App 1.多基因泛癌多基因数据提取代码详解 1167 -- 16:19 App 4.多样本单细胞数据整合代码详解 409 -- 7:22 App 7.泛癌临床信息下载和数据提取代码详解 320 -- 2...
GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。最重要的是这个数据库里的数据是免费的本...
鉴定自噬相关的差异表达基因(ARGs) 首先,作者从GEO数据库下载GSE113212数据集(4个non-LFH样本和4个LFH样本),然后进行差异表达分析(共得到1505个DEGs),接着从Human Autophagy Moderator数据库中下载了796个自噬基因,取交集后得到70个ARGs。 2 ARGs富集分析 ...
GEO数据之使用R包“GEOquery”进行微阵列数据分析 小云爱生信 14:38 GEO数据下载及处理 青衿予心 12010 单基因分析、差异性表达分析,手把手教你如何筛选 解螺旋官方频道 60. 手把手教学GEO数据集的差异表达分析 生信幻想家 14:56 GEO数据 差异分析 冉冉在学医 ...
#下载数据集,跟一般shell命令不一样 aws s3 --no-sign-request cp s3://gnomad-public-us-east-1/release/3.1/vcf/genomes/gnomad.genomes.v3.1.sites.chrY.vcf.bgz dest_dir 4、其他&注意事项 目录后面一定要加/,否则无法列出桶里面的内容 传输的目的地不能是另外一个桶只能是本地的路径,否则会出现[Errn...