1.1 EntrezID转Symbol g_symbol <- mget(g_list, #需要转换的EntrezID org.Hs.egSYMBOL, #EntrezID转Symbol(人) ifnotfound=NA) 这时候的g_symbol是列表格式,转为字符 g_symbol <- as.character(g_symbol) head(g_symbol) [1] "MMP1" "CDC45" "NMU" "CDCA8" "MCM10" "CDC20" 可能有的Entrez...
Gene ID(又称Entrez ID):是由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 提供的一种独特的标识符,用于标识基因、蛋白质、文献等生物学信息资源中的条目。Entrez ID 是一个数字编号,用于数据库中每个记录的唯一标识。其中一个 Entrez ID 可能对应有多个Gene symbol。 Gene Symbol:Gene Symbol(基因符号)...
# 导入Homo_sapiens.gene_info 到 Rstudio,完成id转换gene_info=fread("Homo_sapiens.gene_info.cp",sep="\t")head(gene_info);dim(gene_info)# 75533 16names(gene_info)[1]"#tax_id"[2]"GeneID"[3]"Symbol"[4]"LocusTag"[5]"Synonyms"[6]"dbXrefs"[7]"chromosome"[8]"map_location"[9]"...
方法一：使用mget函数。首先，从DOSE包中选取100个基因的EntrezID。将g_symbol转换为字符格式，以便后续操作。检查是否存在没有基因Symbol的EntrezID，结果没有NA值，表明不存在这种情况。若出现NA值，应予以去除。方法二：借助mapIds函数。此方法将EntrezID转换为Symbol。结果呈现为带有名称的向量，亦可转为...
基因的命名有很多种,常见的有GeneSymbol、ENSEMBLID、EntrezID等,为了在不同的基因命名方式之间快速转换,使用OrgDb。 image.png library(org.Hs.eg.db)hs<-org.Hs.eg.dbmy.symbols<-c("ANKRD62P1-PARP4P3")select(hs,keys=my.symbols,columns=c("ENTREZID","SYMBOL"),keytype="SYMBOL")# SYMBOL ENTREZID...
提取基因ID与symbol对应关系: ## id 转换 library(tidyverse) library(rtracklayer) # 读取gtf文件 gtf <- rtracklayer::import('Equus_asinus.ASM1607732v2.113.gtf.gz') # 转为数据框,简单探索 gtf_df <- as.data.frame(gtf) table(gtf_df$type) ...
基因的entrez ID知道的人也许不多,即使知道,也不会有人无聊到能记住它。但是symbol肯定是人尽皆知的,比如我们想要描述一个基因,叫做TP53,它符合人类基因命名委员会的规定,能在国际范围内交流,也非常火,大部分人知道它所代表的一系列癌症相关基因。 一般人知道TP53的全称是" tumor protein p53",但不一定知道它在染...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。
在进行TCGA或者GEO数据分析时,经常会对基因ID进行转换,比如Ensemble ID转换为geneSymbol,或EntrezID转换为geneSymbol进行后续功能或富集分析等: geneSymbol geneTitle EntrezID ENSEMBL ID Alisa 之前介绍过我们公众号开发的R包:easyConvert,可以非常简单地完成多个基因ID之间的转化easyCo...