1.1 EntrezID转Symbol g_symbol <- mget(g_list, #需要转换的EntrezID org.Hs.egSYMBOL, #EntrezID转Symbol(人) ifnotfound=NA) 这时候的g_symbol是列表格式,转为字符 g_symbol <- as.character(g_symbol) head(g_symbol) [1] "MMP1" "CDC45" "NMU" "CDCA8" "MCM10" "CDC20" 可能有的Entrez...
# 导入Homo_sapiens.gene_info 到 Rstudio,完成id转换gene_info=fread("Homo_sapiens.gene_info.cp",sep="\t")head(gene_info);dim(gene_info)# 75533 16names(gene_info)[1]"#tax_id"[2]"GeneID"[3]"Symbol"[4]"LocusTag"[5]"Synonyms"[6]"dbXrefs"[7]"chromosome"[8]"map_location"[9]"...
尤其是我们进行GO,KEGG富集分析的时侯,需要将基因ID转换为 SYMBOL 或者 ENTREZID。
因为不同的数据库一般都有自己独特的检索编号,比如基因TP53,它的Gene Symbol为TP53,这是人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee,HGNC)提供的官方名称;它的Entrez ID为7157,这是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)提供的编号,此外还有Uniprot ID等。这意味着同一...
基因的命名有很多种,常见的有GeneSymbol、ENSEMBLID、EntrezID等,为了在不同的基因命名方式之间快速转换,使用OrgDb。 image.png library(org.Hs.eg.db)hs<-org.Hs.eg.dbmy.symbols<-c("ANKRD62P1-PARP4P3")select(hs,keys=my.symbols,columns=c("ENTREZID","SYMBOL"),keytype="SYMBOL")# SYMBOL ENTREZID...
基因的entrez ID知道的人也许不多,即使知道,也不会有人无聊到能记住它。但是symbol肯定是人尽皆知的,比如我们想要描述一个基因,叫做TP53,它符合人类基因命名委员会的规定,能在国际范围内交流,也非常火,大部分人知道它所代表的一系列癌症相关基因。 一般人知道TP53的全称是" tumor protein p53",但不一定知道它在染...
② 云工具【基因id转换】该小工具使用R包org.*.eg.db(Version:3.14.0),实现常见物种的基因id转换,输入待转换的基因id类型(Ensembl gene ID、NCBI Entrez gene ID或Gene Symbol),将输入的基因类型,转化为另外几种类型。可选物种包括人、小鼠、大鼠、牛、狗、鸡、蝇、拟南芥等。③ 云工具【同源基因转换...
gene symbol转成Entrez gene ID 代码语言:javascript 复制 entriz<-mapIds(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL",column="ENTREZID")entriz 当然也可以一次性转换到多种ID 代码语言:javascript 复制 #一次性转换到ENSEMBLID,ENTREZID和UNIPROTIDAnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytyp...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。