gene_id <- bitr(gene_symbol$SYMBOL, #前面得出的gene_symbol为数据框,所以这里要取子集 fromType = "SYMBOL", #需要转换的类型 toType = c("ENTREZID"), #需要转换为的类型 OrgDb = org.Hs.eg.db) #注释包 > head(gene_id) SYMBOL ENTREZID 1 MMP1 4312 2
#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org....
③ Entrez ID转换为Gene symbol cc2 <- bitr(cc$`Gene ID`,fromType = 'ENTREZID',toType = 'SYMBOL',OrgDb = "org.Hs.eg.db") ④ Gene symbol转换为Entrez ID和Ensemble Gene ID cc2 <- bitr(cc$`Gene Symbol`,fromType = 'SYMBOL',toType = c("ENSEMBL","ENTREZID"),OrgDb = "org.Hs...
借助R语言环境中的组织数据库，如"org.Hs.eg.db"，我们可以方便地探索和转换基因标识符。以Ensemble基因ID转换为基因符号为例，通过简单的函数调用，我们可以迅速获取所需信息。同样，从Entrez ID转换为基因符号，或从基因符号转换为Entrez ID和Ensemble基因ID，都遵循类似的过程。这些转换不仅有助于理解基...
有多个entrez ID对应一个symbol的现象出现,但是没有一个symbol对应多个entrez ID的现象。而且entrez ID也会过期! $CSNK1E [1] "1454" "102800317" $HBD [1] "3045" "100187828" $RNR1 [1] "4549" "6052" $RNR2 [1] "4550" "6053" $SFPQ ...
在基因注释时,难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换(例如,Ensembl ID 转Entrez ID,或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换)。这里介绍一下常用的三个在线网站, DAVID、bioDBnet、Ensembl Biomart, DAVID访问太慢,Ensem
现在学会编程了,我比较喜欢的是R的一些包,是bioconductor系列,一般来说,其中有biomart,org.Hs.eg.db,annotate,等等。关于biomart我就不再讲了,我前面的博客至少有七八篇都提到了它。本次我们讲讲简单的, 我就以把gene entrez ID转换为gene symbol 为例子把。
基因entrez ID转换 Gene Symbol 名字 R语言 setwd("/share/nas1/huangls/test/hypertension") library(org.Hs.eg.db) library(annotate) df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F) df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),] ...
基因ID转换的必要性在于，不同的ID类型服务于不同的应用场景，如Entrez ID常用于富集分析（GO、KEGG、GSEA），而Gene symbol有助于研究者快速识别，Ensemble ID则因其唯一性常用于其他ID的转换。常见的基因ID类型 以NCBI的Gene数据库中的AKT1为例，理解不同ID类型的特点和应用范围对于转录组分析至关重要...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。