使用getBM函数将Entrez ID转换为基因Symbol: R dat <- getBM(attributes = c("entrezgene_id", "external_gene_name"), filters = "entrezgene_id", values = entrez_ids, mart = mart) 检查并返回转换结果: R print(dat) 这两种方法都可以有效地将Entrez ID转换为基因Symbol,你可以根据自己的...
fromType = "ENTREZID", #需要转换的类型 toType = c("SYMBOL"), #需要转换为的类型 OrgDb = org.Hs.eg.db) #注释包 这个结果是数据框,不像前两个是向量 head(gene_symbol) ENTREZID SYMBOL 1 4312 MMP1 2 8318 CDC45 3 10874 NMU .. 3.2 Symbol转EntrezID gene_id <- bitr(gene_symbol$SYMBO...
③ Entrez ID转换为Gene symbol cc2 <- bitr(cc$`Gene ID`,fromType = 'ENTREZID',toType = 'SYMBOL',OrgDb = "org.Hs.eg.db") ④ Gene symbol转换为Entrez ID和Ensemble Gene ID cc2 <- bitr(cc$`Gene Symbol`,fromType = 'SYMBOL',toType = c("ENSEMBL","ENTREZID"),OrgDb = "org.Hs...
dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType = c("SYMBOL"),OrgDb =org.Hs.eg.db) dt_merge <- merge(map_dt,dt, by.y ="geneid", by.x ="ENTREZID") rownames(dt_merge) <- dt_merge$SYMBOLdt_merge$SYMBOL<-NULL dt_merge$ENTREZID...
R语言ENTREZID ID 转换 gene SYMBOL library(data.table) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) setwd("example") dt <- read.table("VanAllen.self_subtract", sep ="\t", header =T) dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType =...
参考:基因 ID 和 Symbol 转换https://www.jianshu.com/p/7fde2fc6efa4 # 导入Homo_sapiens.gene_info 到 Rstudio,完成id转换gene_info=fread("Homo_sapiens.gene_info.cp",sep="\t")head(gene_info);dim(gene_info)# 75533 16names(gene_info)[1]"#tax_id"[2]"GeneID"[3]"Symbol"[4]"LocusT...
可以看到,都是ENTREZID,是不是不够直观?所以Y叔用了一个函数,setReadable,用一下神清气爽,ENTREZID转成symbol了。 kk2=setReadable(kk,OrgDb="org.Hs.eg.db",keyType="ENTREZID")head(kk2@result$geneID) ##[1]"CDC45/CDC20/CCNB2/CCNA2/CDK1/MAD2L1/TTK/CHEK1/CCNB1/MCM5/PTTG1"##[2]"CDC...
基因entrez ID转换 Gene Symbol 名字 R语言 setwd("/share/nas1/huangls/test/hypertension") library(org.Hs.eg.db) library(annotate) df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F) df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),] ...
同样，从Entrez ID转换为基因符号，或从基因符号转换为Entrez ID和Ensemble基因ID，都遵循类似的过程。这些转换不仅有助于理解基因在不同研究和数据库中的表示，也为整合和分析大规模基因组数据提供了强大的工具。通过这样的转换，科学家能够更加灵活地利用现有数据资源，促进跨领域研究的交流与合作。对于医学...
ENSEMBL ENTREZID SYMBOL1 ENSG00000121410 1 A1BG2 ENSG00000175899 2 A2M3 ENSG00000256069 3 A2MP14 ENSG00000171428 9 NAT15 ENSG00000156006 10 NAT2预先准备的ENSEMBL ID,如何找到他们对应的Gene ID(ENTREZID)和Symbol,例如ID 中的,获得的对应关系:ID_list>...