gene_id <- bitr(gene_symbol$SYMBOL, #前面得出的gene_symbol为数据框,所以这里要取子集 fromType = "SYMBOL", #需要转换的类型 toType = c("ENTREZID"), #需要转换为的类型 OrgDb = org.Hs.eg.db) #注释包 > head(gene_id) SYMBOL ENTREZID 1 MMP1 4312 2 CDC45 8318 3 NMU 10874 .. 4 ...
③ Entrez ID转换为Gene symbol cc2 <- bitr(cc$`Gene ID`,fromType = 'ENTREZID',toType = 'SYMBOL',OrgDb = "org.Hs.eg.db") ④ Gene symbol转换为Entrez ID和Ensemble Gene ID cc2 <- bitr(cc$`Gene Symbol`,fromType = 'SYMBOL',toType = c("ENSEMBL","ENTREZID"),OrgDb = "org.Hs...
#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org....
library(clusterProfiler) library(org.Mm.eg.db) gene.df <- bitr(rownames(expr.celltype), fromType = "SYMBOL", #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的 toType = c("ENTREZID"), #toType是指你要转换成哪种ID类型,可以写多种,也可以只写一种 OrgDb = org.Mm.eg.db)#Orgdb是指对应的注释...
基因的命名有很多种,常见的有GeneSymbol、ENSEMBLID、EntrezID等,为了在不同的基因命名方式之间快速转换,使用OrgDb。 image.png library(org.Hs.eg.db)hs<-org.Hs.eg.dbmy.symbols<-c("ANKRD62P1-PARP4P3")select(hs,keys=my.symbols,columns=c("ENTREZID","SYMBOL"),keytype="SYMBOL")# SYMBOL ENTREZID...
Gene_name(Gene Symbol) 即HOGN数据库为基因提供的官方命名,命名规则一般为全名的缩写,由大写字母、数字组合而成,如TNPO1P3(transportin 1 pseudogene 3),RHOV(Ras Homolog Family Member V)。 3 NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) 即NCBI旗下的Entrez gene数据库所使用的编号,每个编号具有唯一性,编号构成...
小云用的比较多的就是Ensembl Gene ID，然后选择输出文件，小云用的比较多的就是Gene Symbol Ensembl ...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。
# 使用bitr函数将基因从SYMBOL转换为ENTREZID genelist <- bitr(gene=DEG, fromType="SYMBOL", to...