gene_id <- bitr(gene_symbol$SYMBOL, #前面得出的gene_symbol为数据框,所以这里要取子集 fromType = "SYMBOL", #需要转换的类型 toType = c("ENTREZID"), #需要转换为的类型 OrgDb = org.Hs.eg.db) #注释包 > head(gene_id) SYMBOL ENTREZID 1 MMP1 4312 2 CDC45 8318 3 NMU 10874 .. 4 ...
#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org....
基因的命名有很多种,常见的有GeneSymbol、ENSEMBLID、EntrezID等,为了在不同的基因命名方式之间快速转换,使用OrgDb。 image.png library(org.Hs.eg.db)hs<-org.Hs.eg.dbmy.symbols<-c("ANKRD62P1-PARP4P3")select(hs,keys=my.symbols,columns=c("ENTREZID","SYMBOL"),keytype="SYMBOL")# SYMBOL ENTREZID...
library(clusterProfiler) library(org.Mm.eg.db) gene.df <- bitr(rownames(expr.celltype), fromType = "SYMBOL", #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的 toType = c("ENTREZID"), #toType是指你要转换成哪种ID类型,可以写多种,也可以只写一种 OrgDb = org.Mm.eg.db)#Orgdb是指对应的注释...
R语言ENTREZID ID 转换 gene SYMBOL library(data.table) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) setwd("example") dt <- read.table("VanAllen.self_subtract", sep ="\t", header =T) dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType =...
同样，从Entrez ID转换为基因符号，或从基因符号转换为Entrez ID和Ensemble基因ID，都遵循类似的过程。这些转换不仅有助于理解基因在不同研究和数据库中的表示，也为整合和分析大规模基因组数据提供了强大的工具。通过这样的转换，科学家能够更加灵活地利用现有数据资源，促进跨领域研究的交流与合作。对于医学...
基因entrez ID转换 Gene Symbol 名字 R语言 setwd("/share/nas1/huangls/test/hypertension") library(org.Hs.eg.db) library(annotate) df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F) df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),] ...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。
# 使用bitr函数将基因从SYMBOL转换为ENTREZID genelist <- bitr(gene=DEG, fromType="SYMBOL", to...