fromType = "ENTREZID", #需要转换的类型 toType = c("SYMBOL"), #需要转换为的类型 OrgDb = org.Hs.eg.db) #注释包 这个结果是数据框,不像前两个是向量 head(gene_symbol) ENTREZID SYMBOL 1 4312 MMP1 2 8318 CDC45 3 10874 NMU .. 3.2 Symbol转EntrezID gene_id <- bitr(gene_symbol$SYMBO...
② Ensemble Gene ID转换为Gene symbol # cc$`Ensembl Gene ID`为输入的基因 # fromType为当前基因命名方式 # toType为转换成哪种基因命名方式 # OrgDb为数据库,鼠为org.Mm.eg.db cc2 <- bitr(cc$`Ensembl Gene ID`,fromType = 'ENSEMBL',toType = 'SYMBOL',OrgDb = "org.Hs.eg.db") ③ Entre...
dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType = c("SYMBOL"),OrgDb =org.Hs.eg.db) dt_merge <- merge(map_dt,dt, by.y ="geneid", by.x ="ENTREZID") rownames(dt_merge) <- dt_merge$SYMBOLdt_merge$SYMBOL<-NULL dt_merge$ENTREZID...
df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F) df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),] name=getSYMBOL(as.character(df$ENTREZ_GENE_ID), data="org.Hs.eg.db") df$`Gene Symbol`=name head(df)
两种方法将难懂的entrezID转换为geneSymbol 首先加载相关的R包 # 适用于猪的基因,其他物种对应调整 #猪:org.Ss.eg.db 人:org.Hs.eg.db 小鼠:org.Mm.eg.dblibrary(org.Hs.eg.db)library(openxlsx)install.packages("openxlsx",dependencies=TRUE)安装包 ...
可以看到,都是ENTREZID,是不是不够直观?所以Y叔用了一个函数,setReadable,用一下神清气爽,ENTREZID转成symbol了。 kk2=setReadable(kk,OrgDb="org.Hs.eg.db",keyType="ENTREZID")head(kk2@result$geneID) ##[1]"CDC45/CDC20/CCNB2/CCNA2/CDK1/MAD2L1/TTK/CHEK1/CCNB1/MCM5/PTTG1"##[2]"CDC...
Ensembl Gene ID就是以E开头的一大长串的ID，一般从TCGA下载的数据多为这种ID，而Gene Symbol就是我们...
借助R语言环境中的组织数据库，如"org.Hs.eg.db"，我们可以方便地探索和转换基因标识符。以Ensemble基因ID转换为基因符号为例，通过简单的函数调用，我们可以迅速获取所需信息。同样，从Entrez ID转换为基因符号，或从基因符号转换为Entrez ID和Ensemble基因ID，都遵循类似的过程。这些转换不仅有助于理解...
在R中如何利用ENSEMBL ID获得Gene ID(ENTREZID), 又或者转换为Gene Symbol，以人为例：预先安装 AnnotationDbi 和 org.Hs.eg.db 加载org.Hs.eg.db 获取所有的ENSEMBL ID，并查看前五个ID 基于提取的ENSEMBL ID，提取对应的所有Gene ID(ENTREZID)，(以及Symbol），并查看一下提取的内容。预先准备的...
geneIDannotation <-function(geneLists=c(1,2,9),name=T,map=T,ensemble=F,accnum=F){ ## input ID type : So far I just accept entrezID or symbol ## default, we will annotate the entrezID and symbol, chromosone location and gene name ...