ids <- ids[!duplicated(ids$symbol),] #取出不重复的ids$symbol ##转化geneid为symbol counts <- counts[rownames(ids),] #取出表达矩阵中ids有的行 rownames(counts) <- ids[match(rownames(counts),ids$geneid),"symbol"] #根据geneid和symbol进行匹配 三、合并所有重复的gene symbol ( 简单,全面,推...
2.使用在线转换工具:有一些在线转换工具可以方便地进行ID转换,例如DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery,https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp )和bioDBnet(https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php )。您只需选择输入和输出ID类型,并粘贴待转换的基因ID列表即可。
Gene ID(又称Entrez ID):是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的基因特异性数据库提供的编号,是一个整数。Gene ID唯一且稳定,是目前国际上最权威的基因ID。一个Entrez ID 可能对应多个 Gene symbol,如AKT还有其他名字如PKB、RAC等。 Gene Symbol:基因通用名称,根据来源分...
比如现在新版RNA-seq的counts文档的Gene_ID全部变成了ensembl_ID，这个时候需要利用我们之前的方法做ID转换...
EntrezID 转换 如何将结果中的Gene ID列转换为我们熟悉的Gene Symbol呢,可以这样处理: y<-setReadable(ego4,OrgDb=org.Hs.eg.db,keyType="ENTREZID")y@result 这个时候得到的结果就是带有Gene Symbol的文件 以上是人源数据的处理,使用OrgDb =org.Hs.eg.db;如...
Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) Gene_name(Gene Symbol) NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) Gene_Synonym 为大家简单介绍一下这四种ID: 1 Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) 即Ensembl数据库中对基因的命名。以智人ENSG00000275442为例,ENS为开头的固定字符,默认为Homo sapiens (Human),小鼠Mus musculus (Mo...
另外，这个数据库对于转换的结果，默认的都会添加gene symbol的。所以在输出选择里面是没有gene symbol这个选项的。另外这个由于这个数据库做富集的时候支持多种不同形式的ID来进行富集。所以在基因转换的时候也是支持的。例如我们输入这些混合的ID，就可以得到所有和这些ID有关的基因名了。biomart 之前在某一个帖子里面...
【gene ID】gene ID转换的在线工具 超超Tracy 1.6万 2 11GEO数据集如何根据序列信息重注释出全Gene symbol,基因序列转换为基因 生信分析333 1363 0 二: 基因id一键转换 学术渣在欧洲 5283 1 把symbol转换为entrezID ksymysky 1051 0 TCGA数据库ensembl id转为gene Symbol,提取出需要的RNA种类表达谱列表信...
Uniprot基因ID/名称转换方法 1、打开uniprot网站,https://www.uniprot.org; 2、点击“Retrieve/ID mapping”,跳转页面进入ID转换界面; 3、上传ID列表,选择转换类型,进行转换; 4、查看并下载转换后的数据。 BioDBnet基因ID/名称转换方法 1、打开网站https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php; ...