1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 # 安装samtools, STARconda install samootls -y conda install star -y 2. 人类参考基因组与基因注释文件准备 以hg38人类参考基因组为例,hg19构建方法相同,...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基因组索引构建 参考基因组、注释下载注释和参考基因组索引参考以...
1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现，Seurat 4.0。1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞（PBMC）数据集。1.2 分析R包安装 2. 数据预处理 2.1 构建单细胞Seurat对象 Read10X函数读取，返回独特的分子识别（UMI）计数矩阵。矩阵中的行值表示每个功能（即基因）；列值表示...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建人类参考基因组注释 生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质 生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合 Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下...
在scRNA-seq数据中注释细胞的工作流程包括三个主要步骤:自动注释、人工注释和湿实验验证。 自动注释 自动化注释工具利用一组预定义的标记基因,这些标记基因在已知的细胞类型中特异表达,通过将它们的基因表达模式与已知的细胞类型进行匹配来标记cluster。优点是快速、可重复性好,对常见细胞类型的标注结果更可靠; 但由于参...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)细胞分离与扩增 生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 1. 单细胞RNA-seq样本数据说明 样本数据来源文章:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA(由I类HLA转录丢失引起的对联合...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)工作流程解析 1. 单细胞的分离 如何获得单细胞,从而进行下一步的测序过程?具体有以下几种方法: 一、流式细胞仪(FACS)方法 常用的方法之一是使用流式细胞仪(FACS)方法进行分离。但是 FACS 也有缺点,首先需要较大的起始细胞量,同时可能导致有些孔中有两个,有些孔中没有...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)工作流程解析 生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)细胞分离与扩增 1. NCBI查询scRNA-seq SRA数据 NCBI地址: ncbi.nlm.nih.gov/Traces 点击Accession List下载包含SRR*编号信息的文本文件 - SRR_Acc_List.txt。 NCBI SRA数据 SRR_Acc_List.txt文件内容 SRR_Acc...