广义上,我们将标记基因定义为可用于区分细胞亚群的基因。 文献标题及背景 A comparison of marker gene selection methods for single‑cell RNA sequencing data. 背景:分析 scRNA-seq 数据的一个常见步骤是选择所谓的标记基因,最常见的目的是对样本中存在的生物细胞类型进行注释。本文是对scRNA-seq 数据中选择标记...
通过对50,000多个细胞的分析,将细胞分群注释为角质形成细胞、朗格汉斯细胞、T 细胞、成纤维细胞、黑色素细胞、内皮细胞、肌肉细胞及单核巨噬细胞共8个主要细胞类型(图2c-d)。 多色免疫荧光染色实验发现CD8+ T细胞大量聚集在皮损与非皮损区域交界处,通过对T细胞的进一步分析,发现相对于正常人,白癜风患者中的杀伤性 ...
通过无监督的聚类分析将细胞进行分群并注释,发现了患者特有的耗竭T细胞亚群,进一步研究发现其存在显著异质性。通过差异基因富集分析和细胞周期分析,发现了患者的T细胞普遍比较活跃。通过相关性分析和TCR分析,发现患者T细胞存在普遍的转化现象。 ...
目前以第一作者(含共同第一)在PNAS、Development、Advanced Science、Clinical and Translational Medcine等国际知名期刊发表论文多篇,可承接单细胞转录组分群注释,差异表达基因分析(Deseq2/EdgeR/Limma),GO/KEGG/GSEA分析,发育
与scRNA-seq在细胞分群上趋于一致,具有类似的基因检出率。 那么,具体项目中scRNA-seq和snRNA-seq两者如何选择? 本研究使用密度梯度离心代替流式细胞术分选技术以获得拟南芥叶片细胞核。提取同等状态的拟南芥原生质体进行比较实验(图1A)。设置7个生物学重复组,使用相同的聚类参数进行数据处理,以比较snRNA-seq和scRNA-seq...
图:人肺部组织snRNA-seq以及snATAC-seq的分群结果及细胞注释marker基因情况 2、与SARS-CoV-2进入宿主细胞时关键基因的特异性细胞表达及调控 作者重点关注ACE2、TMPRSS2、CTSL、BSG和FURIN在两组单细胞表观多组学数据中的表达情况以及远端调控模式。结果显示大部分TMRRSS2表达的细胞在上皮细胞(包含AT1、AT2以及棒状、...
● 提取的细胞核,可以使用过流式分选、离心、细胞筛等手段,去除大部分碎片杂质和次生代谢产物,获得高纯度的细胞核; ●与scRNA-seq在细胞分群上趋于一致,具有类似的基因检出率。 那么,具体项目中scRNA-seq和snRNA-seq两者如何选择? 本研究使用密度梯度离心代替流式细胞术分选技术以获得拟南芥叶片细胞核。提取同等状态的...
possorted_genome_bam.bam:单细胞比对的bam文件,其中包含了每个reads的信息 web_summary.html:报告网页(单细胞定量后的报告,包括检测到的细胞数、基因数、UMI、分群等等) ENDCell Ranger 以上就是cellranger的下载、安装以及初步的使用流程,希望能够帮到大家啦~ ...
● 提取的细胞核,可以使用过流式分选、离心、细胞筛等手段,去除大部分碎片杂质和次生代谢产物,获得高纯度的细胞核; ●与scRNA-seq在细胞分群上趋于一致,具有类似的基因检出率。 那么,具体项目中scRNA-seq和snRNA-seq两者如何选择? 本研究使用密度梯度离心代替流式细胞术分选技术以获得拟南芥叶片细胞核。提取同等状态的...
Scran包使用推断细胞周期 载入数据和 rm(list=ls())## 魔幻操作,一键清空~options(stringsAsFactors=F)load(file='../input.Rdata')a[1:4,1:4]head(df)## 载入第0步准备好的表达矩阵,及细胞的一些属性(hclust分群,plate批次,检测到的基因数量)# 注意 变量a是原始的counts矩阵,变量 dat是logCPM后的表达...