使用14 个真实 scRNA-seq 数据集和 170 多个额外的模拟数据集比较了这些方法的性能。比较了各种方法恢复模拟和专家注释标记基因的能力、预测性能和所选基因集的特征、内存使用率和速度以及实现质量。此外,还利用各种案例研究对最常用的方法进行了仔细研究,突出了其中存在的问题和不一致之处。结果凸显了简单方法的功效,...
根据leiden cluster手动注释细胞类型 代码语言:Python 复制 from collections import Counter cell_type_labels = np.unique(atac.obs['cell_type']) count_table = {} for cl, ct in zip(atac.obs['leiden'], atac.obs['cell_type']): if cl in count_table: count_table[cl].append(ct) else: coun...
单细胞聚类分析的另一个重要问题是稀有细胞类型的检测,这些细胞在复杂疾病中起着重要作用,但丰度较低。RaceID、GiniClust、SINCERA 和 DendroSplit是专门设计用于在 scRNA-seq 数据分析中识别稀有细胞类型的聚类算法。 细胞类型注释 将细胞身份分配给细胞亚群,这一过程称为细胞类型注释,是 scRNA-seq 数据分析中的关键步骤。
首先,通过scRNA-seq鉴定了8种主要的细胞类型:间充质细胞、上皮细胞、血管内皮细胞、骨髓细胞、神经胶质细胞、肌源性前体细胞、神经元和肌细胞(图4A)。接着使用scRNA-seq的细胞注释的结果对scATAC-seq数据进行了注释,发现了相似的细胞类型分布模式(图4B)。此外,细胞类型特异性表达的标志物(图4C)在相应的亚群中也表...
Note:如果设置clusters=,则会在cluster层面进行细胞类型的注释;否则是在细胞层面
在这项工作中,作者开发了一种新的两步法来自动标记含有新细胞的scRNA-seq数据。称之为使用基于机器学习的方法对未知细胞的存在进行细胞注释(CAMLU)。在第一步,CAMLU使用自动编码器和迭代特征选择的组合来区分已知细胞类型和新的细胞类型。这样的目的是,用训练数据训练自动编码器后,自动编码器将包含所有已知细胞类型的...
scRNAseq可谓是目前科研界研究细胞异质性的有效手段,正处于如火如荼的阶段。单细胞分析一个很重要目的就是为了确定细胞的类型。说到单细胞分析,大家第一时间想到的肯定是三大R包Seurat、monocle、scater,但是今天我准备给大家介绍一个新的R包metacell,可以用来聚类和注释细胞类型,功能堪比Seurat,但实现方法却很不一样。
5k买的单细胞转录组scRNA-seq代码 全部分享|单细胞转录组scRNA-seq全代码流程。共125G。 生信小优 74 0 当初花6k买的单细胞空间转录组全流程代码,全部分享～空间转录组联合单细胞新思路全流程,包含脚本,分析思路,参数测试,空间多样本整合,多样本整合去批次,细胞网络 生信小优 257 0 终于有人把国自然医学课题申...
1. 构建拟南芥根的scRNA-seq图谱,注释细胞类型和发育阶段 为了绘制一个全面的、器官尺度的拟南芥单细胞分辨率图谱。作者选取5-7日龄的野生型幼苗主根尖0.5 cm的组织进行取样,制备原生质体,使用10X Genomics scRNA-seq平台对超过96,000个根细胞进行了分析。之后结合已发表的scRNA-seq相关数据(3个样本14,427个细胞),...
scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备专利信息由爱企查专利频道提供,scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备说明:本发明公开了一种scRNA‑Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备,涉及scRNA‑Se...专利查询请上爱企查