搬运,这个是详细版的单细胞测序,这个视频详细介绍了单细胞测序和整体的RNA-seq 也就是转录组测序的区别。这个老哥有点印度口音哈哈哈哈, 视频播放量 1714、弹幕量 4、点赞数 58、投硬币枚数 27、收藏人数 167、转发人数 21, 视频作者 爱科研的医学生Vivian, 作者简介 要做
单细胞RNA-Seq使研究人员不仅可以鉴定细胞亚群,还可以在异质样品中的单细胞水平上进行全面查询。 与标准RNA-Seq类似,超低输入RNA-Seq提供整个细胞群的批量表达分析;然而,顾名思义,它使用的起始材料量非常有限,低至10pg或几个细胞。单细胞RNA-Seq需要至少50000个细胞(推荐100万个)作为输入。
例如,在神经母细胞瘤中,免疫细胞在scRNA-Seq中比例更高,神经嵴、神经内分泌细胞等实质细胞大幅减少;snRNA-Seq结果中实质性细胞(特别是恶性细胞)比例更高,而T细胞大幅减少,B细胞和NK细胞基本消失,内皮细胞、上皮细胞增加。同时,解离信号在scRNA-seq中的检出率远高于snRNA-seq,尤其是在免疫细胞如T、NK、巨噬细胞等...
虽然批量RNA-seq可以提供大量的肿瘤免疫基因表达数据,但它无法检测细胞相互作用、免疫细胞类型和细胞特异性标记之间的关系[17]。有趣的是,单细胞RNA测序(scRNA-seq)已成为了解肿瘤免疫微环境亚群的强大工具,能够在单细胞水平上检测肿瘤组织的转录组并分析相关功能状态 本研究的工作流程 数据源和预处理 GSE176078的乳腺...
在比较scRNA-seq和snRNA-seq的数据质量和分辨率时,Kurtishi指出,就回收的细胞数量和筛选的基因而言,这两种方法产生的结果非常相似。不过在将这些技术用于同一样本时,差异就出现了。它们往往会捕获不同类型的细胞。多项研究都强调了这一点,它们采用这两种方法对相同的组织进行分析,结果显示回收了不同的细胞亚群5,6。
scRNA-seq与Bulk RNA-seq的基本流程相似,主要区别就在于单细胞分离获取。scRNA-seq的基本流程包括单细胞分离、mRNA提取与逆转录、cDNA扩增、测序文库构建、测序、数据分析,目前市场上不同的平台和技术也是围绕单细胞的分离展开的。下图是不同单细胞转录组测序方法发表的期刊年份及检测的细胞通量: ...
RNA-Seq测序,又称RNA sequence测序,即转录组测序,简称RNA测序,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。 什么是转录组? 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生...
DROP-seq和inDROP 哈佛医学院的研究人员开发了以微滴为基础的两种独立技术Drop-seq和inDrop。他们利用微流体装置将带有条码的微珠和细胞一起装入微小的液滴,建立了快速、廉价、高通量的单细胞RNA-seq方法。这两种技术将细胞隔离在微小的液滴中,装上用于扩增的条码引物,由此检测数以千计的细胞。研究者们认为,Drop...