单细胞 RNA-seq 为我们了解组织的组成等提供非常好的工具,而单细胞测序的效果也取决于我们到底测多少细胞,一般而言几百个细胞的单细胞测序不仅仅捕获常见的细胞成分,也会捕获稀少类型的细胞。由于 RNA 降解,细胞的凋亡和实验误差等原因,一些数据将会被排除,不纳入数据分析环节,因此初始选择的细胞个数往往会大于我们目...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分,从而识别出...
E3和E4大脑中每种细胞类型的DEGs (scRNA-seq);I:在所有细胞中,APOE4最显著地改变了前10个KEGG通路;J:在受APOE4影响最严重的四种细胞类型中,KEGG通路在E4和E3之间差异表达的维恩图;K:各细胞类型中APOE改变的前10个KEGG代谢途径的热图。
用于捕获细胞的策略决定了实验的通量(即我们分离了多少细胞)、测序前如何选择细胞以及除了转录本测序之外可以获得哪些类型的附加信息。三种最广泛使用的方法是基于微量滴定板、基于微流体阵列和基于微流体液滴的方法。 单细胞分离方法 微量滴定板方法依赖于使用例如移液、显微切割或荧光激活细胞分选(FACS)将细胞分离到板的...
Proteintech Genomics公司首席执行官Kit Nazor博士表示：“借助CITE-seq（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing）等技术，研究人员可以在单细胞基因表达谱的基础上叠加高度多重化的细胞表面蛋白数据，但他们无法获得细胞内蛋白的信息。Proteintech Genomics一直致力为研究人员提供更深入地超越细胞表面的...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。
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可扩展的测序通量,支持广泛的单细胞实验 高分辨率分析,能够发现采用批量采样方法时通常会被掩盖的细胞间差异 简介 单细胞测序是一种新一代测序(NGS)方法,可检测单个细胞的转录组,提供细胞间变异的高分辨率视图。不同于传统RNA测序(RNA-Seq)对细胞群进行的批量采样,高灵敏度的单细胞RNA 测序(scRNA-seq)法可帮助研究...
最近准备把单细胞RNA-seq生信分析的全部流程都完整详细的介绍一边,会很基础全面,所以内容很多,会拆分成很多期,目标是让不同学科背景的同学,看这一份宝典,就能真的完全学会单细胞组学分析。 1. Single-cell RNA sequencing 首先简要介绍一下单细胞核糖核酸 (RNA) 测序分析和相关的基本分子生物学概念。所有测序分析都...
1. 单细胞RNA-seq的原理 单细胞RNA-seq的原理基于高通量测序技术和生物信息学方法。通过微流控技术或细胞分选设备,将单个活细胞分离并捕获到反应器中。随后,对单细胞中的mRNA进行逆转录,合成cDNA库,并使用PCR扩增。接下来,使用高通量测序技术对cDNA进行测序,得到单细胞的基因表达谱。借助生物信息学工具,对测得的数...