一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的，...
最早的RNA-seq，把一大群细胞混在一起，抽出RNA一起测序。由于所使用的管子枪头等器材容易粘附RNA，实...
利用scRNA-seq技术确定和改进工程生物制剂和细胞疗法的机会也正在出现。 scRNA-seq助力治疗性抗体开发 scRNA-seq可以加速和改进治疗性抗体的识别和优化。通过高通量单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq),能够绘制免疫动物的完整抗体谱系,随后跟踪其在克隆选择、扩增和亲和力成熟过程中的演变,并在细胞分辨率下与衍生杂交瘤细胞...
1. 单细胞分析中Seurat对象的结构 Seurat R包,主要用于分析单细胞RNA测序数据。Seurat包实现了单细胞RNAseq数据分析的主要步骤,包括质控、归一化、可视化、聚类、差异表达等。Seurat对象用于存储单细胞RNA-seq元数据和分析结果, Seurat 5.0官网:https://satijalab.org/seurat/ ...
单细胞RNA-seq(single cell RNA-seq, scRNA-seq)是目前用于细胞类型、细胞状态研究的核心工具,很多实验室也同时围绕scRNA-seq技术建立了多种计算方法并且优化了建库方法,不同方法在如何鉴别分子的细胞来源和文库建立方面有所区别。scRNA-seq技术不断革新、升级的同时,随之产生的高分辨、高通量数据也助力发表了多项研究...
我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下long reads会替代short reads RNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...
我们的研究综合Bulk (一群细胞)RNA-seq和单细胞 RNA-seq数据,系统探讨了UTI在脓毒症中的潜在作用机制。在负二项回归模型中调整了潜在的混杂因素后,UTI组中下调的基因比上调的基因更多。这些下调的基因在中性粒细胞参与的免疫中富集...
1. 单细胞RNA-seq概述 RNA-seq 允许以高效且经济高效的方式分析样本中的转录本。这是 00 年代末的一项重大突破,此后变得越来越流行,很大程度上取代了微阵列等其他转录组分析技术。其成功的部分原因在于 RNA-seq 允许对样本中的所有转录本进行无偏采样,而不是仅限于一组预先确定的转录本(如微阵列或 RT-qPCR)。
为单细胞准备全长文库与在Bulk RNA测序中所做的基本相同,并且仅限于基于微孔板的方法,如SMART-seq2。尽管理论上全长方法应该提供均匀的转录本覆盖,但有时整个基因体的覆盖可能会存在偏差。全长方法还允许检测可变剪接体,这对于其他方法来说很难做到。