5. 单细胞RNA-seq的数据挖掘 单细胞 RNA-seq 为我们了解组织的组成等提供非常好的工具,而单细胞测序的效果也取决于我们到底测多少细胞,一般而言几百个细胞的单细胞测序不仅仅捕获常见的细胞成分,也会捕获稀少类型的细胞。由于 RNA 降解,细胞的凋亡和实验误差等原因,一些数据将会被排除,不纳入数据分析环节,因此初始...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合 Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat_1.R ### 1. 数据获取及读取 ### # 切换至工作目录 setwd("F...
1.揭示细胞异质性:单细胞RNA测序帮助我们认识到即使在相同组织或器官中,不同细胞之间也可能存在显著的基因表达差异。这有助于理解细胞的特定功能和角色。 2.发现新的细胞类型:通过单细胞RNA测序,科学家们已经发现了一些以前未知的细胞类型,这为生物多样性研究提供了新的视角。 3.疾病研究:单细胞RNA测序可用于研究疾...
单细胞测序是一种新一代测序(NGS)方法,可检测单个细胞的转录组,提供细胞间变异的高分辨率视图。不同于传统RNA测序(RNA-Seq)对细胞群进行的批量采样,高灵敏度的单细胞RNA 测序(scRNA-seq)法可帮助研究人员探索复杂组织中单个细胞的不同生物学特性,了解细胞亚群对环境要素的反应。这些检测方法有助于研究细胞功能和细...
RNA-seq测序原理 基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。
1. 单细胞RNA-seq概述 RNA-seq 允许以高效且经济高效的方式分析样本中的转录本。这是 00 年代末的一项重大突破,此后变得越来越流行,很大程度上取代了微阵列等其他转录组分析技术。其成功的部分原因在于 RNA-seq 允许对样本中的所有转录本进行无偏采样,而不是仅限于一组预先确定的转录本(如微阵列或 RT-qPCR)。
15.1 前言 除了基因表达模式的变化之外,细胞组成(例如细胞类型的比例)也会在不同条件下发生变化。例如,特定药物可以诱导细胞类型的转分化,这将反映在细胞身份组合物中。需要足...
转录组测序和代谢组质谱检测由于分别是基因型和表型研究技术应用的代表,将二者数据关联分析或用来互相验证结果成为很多研究的首选,其研究精度正因单细胞组学和空间组学的出现,得到大幅度提升。科研人员开始陆续使用最前沿的single-cell RNA-seq(scRNA-seq,单细胞转录组)、ST(空间转录组)、spatial metabolome(空间代谢组)...
单细胞RNA-seq(single cell RNA-seq, scRNA-seq)是目前用于细胞类型、细胞状态研究的核心工具,很多实验室也同时围绕scRNA-seq技术建立了多种计算方法并且优化了建库方法,不同方法在如何鉴别分子的细胞来源和文库建立方面有所区别。scRNA-seq技术不断革新、升级的同时,随之产生的高分辨、高通量数据也助力发表了多项研究...