Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat_1.R ### 1. 数据获取及读取 ### # 切换至工作目录 setwd("F:/scRNA-seq/Seurat4.0") # 下载PMBC数据 download.file("https://cf.10xgenom...
1.5 单细胞RNA测序 1.5.1 概述 RNA测序主要可以通过两种方式进行:对来自感兴趣来源的跨细胞的混合RNA进行测序(bulk批量测序)或对细胞的转录组进行单独测序(单细胞测序)。在大多数情况下,混合所有细胞的 RNA 比实验上复杂的单细胞测序更便宜、更容易。批量 RNA 测序会产生细胞平均表达谱,通常更容易分析,但也隐藏了...
虽然scRNA-seq是一种功能强大且有见地的可以从单细胞水平分析基因表达的方法,但仍存在许多挑战和变异来源,这可能会使数据分析变得复杂或有限。 总体而言,我们建议以下内容: 除非对感兴趣的实验问题有必要,否则不要进行单细胞RNA-seq。您首先要思考,您是否能使用批量测序来解决你的问题吗?这更简单且成本更低?也许FACS...
虽然这些模型通常适用于单细胞RNA-seq数据,但可能必须应用几个额外的过滤器或启发式方法才能在单核RNA-seq数据中获得稳健的过滤,就像DropletUtils的emptyDropsCellRanger函数中那样。 2.5.2 双联体检测 除了确定哪些细胞条形码对应于空滴或受损细胞之外,人们还可能希望识别那些对应于双联体或多联体的细胞条形码。当给定的...
StarScope 是达普生物自主开发的，其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline， 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案，可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出，并生成一个完整的 HTML 格式数据报告，表达结果还可接入多种下游分析。▉ 软件功能：3‘-RNA-seq pipeline • 通过 cutadapt 对原始 ...
6. 代谢分析显示,糖酵解开关主要在TAN-1中上调 7. 糖酵解开关增强TANs的促肿瘤功能 8. 上游调控因子分析显示BHLHE40驱动中性粒细胞向促肿瘤表型发展 研究机制 局限与讨论 本文解读的文献是:单细胞RNA-seq分析揭示了胰腺肿瘤微环境中BHLHE40驱动具有过度活化糖酵解的促肿瘤中性粒细胞《Single-cell RNA-seq analysis...
医学生必看的生信分析视频-单细胞联合RNA-seq分析教程(有代码)-2 llliuwy 3930 1 [生信分析精讲系列] 非肿瘤单细胞分析发7+,让你的科研起飞! 生信风暴官方频道 860 0 【科研技巧】网络药理学分析文章难发表?何不尝试一下添加验证,让精心分析的数据不再浪费! 尔云间 1712 1 scRNA-seq单细胞RNA测序分析...
这些下调的基因在中性粒细胞参与的免疫中富集,如中性粒细胞激活和脱颗粒,提示UTI的免疫调节作用是通过调节中性粒细胞活性来介导的。通过反卷积大量的rna-seq样本获得细胞类型的分数,骨髓来源的抑制细胞(MDSC)在UTI处理的样本中显著扩增。...
图1.典型的单细胞RNA-seq分析工作流程。 ——预处理与可视化—— Raw data经过处理后得到read counts矩阵或counts矩阵,软件包括Cell Ranger, indrops, SEQC,以及read质控的zUMIs。以下所说的data均指count矩阵。 质量控制(Quality Control,QC) 在分析单细胞基因表达数据之前,我们需要保证所有的细胞标记数据均来自于活...
复旦大学生物统计学实践课程之二:单细胞RNA-seq全分析流程, 视频播放量 6778、弹幕量 0、点赞数 362、投硬币枚数 268、收藏人数 1121、转发人数 97, 视频作者 江湾青年, 作者简介 fdu生物信息学博士在读,记录生活,分享科研知识,相关视频:【FDU生统实践课-3】单细胞ATAC