什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
这个分析过程比较漫长,挂起,不要死等!我这里是一个样本一个样本分开做的,因为怕内存不够,没有使用批量循环。 cd SRR19842866/ velocyto run10x -m /home/ziv/biosoft/repeat/human_rmsk.gtf ./ /home/ziv/biosoft/refdata-gex-GRCh38-2020-A/genes/genes.gtf 至于smartseq2、dropest等命令就不再深究学习...
Linux终端进行velocyte分析:velocyte有三个子命令,分别是: run10x - Run on 10X Chromium samples run_smartseq2 - Run on SmartSeq2 samples run_dropest - Run on DropSeq, InDrops and other techniques run - Run on any technique (Advanced use)看名字就知道他们是干什么的,分别对应相关的测序方式,最...
在Linux终端环境中，通过velocyto进行分析的步骤涉及环境设置、安装软件、以及处理输入数据（如参考基因组和重复注释文件）。在实际操作中，通常会将数据分批处理，以避免内存不足的问题。对于smartseq2、dropest等特定技术的数据，使用对应的velocyto命令进行分析。在完成上游分析后，下一步是将多个样本的分析结...
4. 轨迹分析显示中性粒细胞最终分化为促瘤TAN-1状态 5. TAN-1与PDAC患者预后不良相关 6. 代谢分析显示,糖酵解开关主要在TAN-1中上调 7. 糖酵解开关增强TANs的促肿瘤功能 8. 上游调控因子分析显示BHLHE40驱动中性粒细胞向促肿瘤表型发展 研究机制 局限与讨论 本文解读的文献是:单细胞RNA-seq分析揭示了胰腺肿瘤...
在1 M reads的深度下,SnapTotal-seq基于外显子与内含子的reads都能够检测到一万多种基因,说明此方法可高效捕获到剪接与未剪接的RNA(如图1b)。利用RNA Velocity分析,SnapTotal-seq成功重构了293T细胞的细胞周期动态(G2/M→G1→S→G2/M)。与其他单细胞转录组技术相比,SnapTotal-seq在细胞周期动态转化的重构上...
单细胞RNA-seq标记鉴定 现在我们已经确定了我们想要的集群,我们可以继续进行标记识别,这将使我们能够验证某些集群的身份,并帮助推测任何未知集群的身份。 image 目标: 为了确定每个集群的基因标记 使用标记来识别每个集群的细胞类型 为了确定是否需要基于细胞类型标记重新聚类,可能需要合并或拆分聚类 ...
随后,进一步分析了GBM scRNAseq数据,以确定显示OBI1-AS1表达升高的GBM肿瘤的细胞类型。我们的研究表明,OBI1-AS1在肿瘤细胞中的表达很低。在大多数患者中,没有观察到该基因在任何簇中的表达(3A),该基因仅在一个小簇(图3)中高表达(...
转录组测序和代谢组质谱检测由于分别是基因型和表型研究技术应用的代表,将二者数据关联分析或用来互相验证结果成为很多研究的首选,其研究精度正因单细胞组学和空间组学的出现,得到大幅度提升。科研人员开始陆续使用最前沿的single-cell RNA-seq(scRNA-seq,单细胞转录组)、ST(空间转录组)、spatial metabolome(空间代谢组)...