综上所述,该研究提出了一种用特征选择策略优化的单细胞RNA-seq聚类分析框架scFseCluster。研究结果证实,scFseCluster适用于多种尺度的单细胞RNA-seq数据集,并表现出很高的聚类精度和鲁棒性。更重要的是,本项研究认为“目前较为流行的方法通过选取2000个高变基...
在转录覆盖率方面,转录组RNA-seq依然是金标准,根据测序深度,一般可以观察到80-95%的转录本。而scRNA-seq方法,每个细胞,一般能测到200-10000个转录本,即可以观察到10-50%的转录本,而且每个细胞中很多转录本的计数为零。 一张图展示 bulk vs scRNAseq 的区别 bulk vs scRNA-seq.png 单细胞RNA-seq的常见应用 ...
他们利用微流体装置将带有条码的微珠和细胞一起装入微小的液滴,建立了快速、廉价、高通量的单细胞RNA-seq方法。这两种技术将细胞隔离在微小的液滴中,装上用于扩增的条码引物,由此检测数以千计的细胞。研究者们认为,Drop-seq和inDrop能够帮助生物学家进一步发现和分类人体细胞,绘制大脑等复杂组织的细胞多样性图谱,更...
来自贝勒医学院的研究人员和他们的合作者开发了一种单细胞总RNA测序方法,能够对单个突触的转录组进行分析。 该方法被命名为“液滴中基于多重退火和尾部定量的scRNA测序方法”(Multiple-Annealing-and-Tailing-based Quantitative scRNA-seq in Droplets,MATQ-Drop),相关文献[1]于上个月发表在《Nature Biotechnology》...
大批量单细胞rna-seq数据质量控制和分析方法,其特征在于,包括以下步骤: 第一步、原始测序文件的fastq格式或者比对完的sam/bam格式作为输入文件,运行相关命令; 第二步、测序片段水平的质量控制; 第三步、多细胞水平的质量控制; 第四步、单个细胞层面的质量控制; ...
总的来说,作者们通过点击化学方法构建了单细胞分辨率的新生RNA测序方法scGRO-seq,scGRO-seq技术的单核苷酸空间和时间分辨率能够识别增强子-基因的转录爆发网络,可以对全基因组的转录调控机制以及基因-增强子作用进行检测。 原文链接: https://doi.org/10.1038...
他们采用了三种单细胞RNA扩增方法,分别为SMARTer Ultra Low RNA Kit(Clontech)、TransPlex Kit(Sigma-Aldrich)以及利用C1微流体系统(Fluidigm)进行SMARTer cDNA合成。同时,他们也利用大量总RNA开展传统的RNA-seq,并通过多重qPCR对同一细胞类型中的40个基因进行独立定量,来评估单细胞方法的准确性。
本来想看这篇文章 A general and flexible method for signal extraction from single-cell RNA-seq data. 一种通用、灵活的单细胞转录组数据降维方法,ZINB-WaVE。它使用零膨胀负二项式模型,能够解释dropout、超表达和数据的自然属性,在稳定性和精确性上优于PCA和ZIFA。
介绍了标准化的定义,数据标准化的原因,常用的单细胞 RNA-Seq 数据的标准化技术方法和原理,标准化的具体步骤知识 科学科普 科普 生物 RNA 单细胞 评论1 最热 最新 请先登录后发表评论 (・ω・) 发布 皮科小羊 请问下原视频链接可以发一下吗? 2023-09-10 15:42回复...
在这里，香港中文大学的研究人员介绍了 Tissue-AdaPtive autoEncoder（TAPE），这是一种连接批量 RNA-seq 和单细胞 RNA-seq 的深度学习方法，可在短时间内实现精确的反卷积。通过构建可解释的解码器并在独特的方案下进行训练，TAPE 可以自适应地预测细胞类型分数和细胞类型特异性基因表达组织。与几个数据集上的流行...