利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于 microarray 用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如延伸时间等),从而获得全长的 c...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质 生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合 Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。 一、单细胞RNA测序是什么? 单细胞RNA测序是一种...
作者们使用点击化学进行全基因转录组分析方法,使用点击化学修饰的NTP处理小鼠胚胎干细胞。点击化学文库的准备需要大约8小时,作者们通过开发点击化学迭代方法用炔烃标记单个细胞核中的新生 RNA,但此过程中不会破坏核膜。通过测试该方法与PRO-seq之间的相关性,证明了...
全长测序仅限于plate-based的方案,并且文库制备与批量 RNA-seq 测序方法相当。全长方案并不总能实现转录本的均匀覆盖,因此基因体的特定区域可能仍然存在偏差。全长方案的一个主要优点是它们允许检测剪接变体。基于标签的方案仅对转录本的 3' 或 5' 末端进行测序。这是以不(必然)覆盖整个基因长度为代价的,使得很...
基于比对的方法可以进一步分为剪接比对和连续比对方法。剪接比对方法能够在参考的几个不同片段上比对序列读数,从而允许与读数的相应部分良好对准的参考区域之间存在潜在的大间隙。这些比对方法通常在将RNA-seq读数与基因组比对时应用。剪接比对是一个具有挑战性的问题,特别是在只有一小部分读数跨越剪接点的情况下。另一方...
MAST使用了hurdlemodel来计数drop-out。为了将scRNA-seq数据集信息与其他表型变量相关联,基于回归的模型可以将多个样本及其相关表型特征结合起来,将某些细胞类型的基因表达变化与相应的定量测量表型相关联。基因水平分析也可以与基因集富集分析方法相结合,如基因集富集分析或加权相关网络分析。
以2i/LIF和ERCC插入RNA培养的小鼠胚胎干细胞(mESCs)为材料,用6种不同的文库制备方法(CEL-seq2/C1、Drop-seq、MARS-seq、SCRB-seq、Smart-seq/C1和Smart-seq2)制备单细胞RNA-seq数据。这些方法的不同之处在于独特的分子标志(UMI)序列的使用,UMI序列可以区分源自原始mRNA分子的read和在cDNA扩增过程中产生的复制...