利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于microarray用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如延伸时间等),从而获得全长的 cDNA...
文中开发了SnapTotal-seq方法,可以进行单细胞的全转录组测序。如图1a,SnapTotal-seq使用了多重退火循环扩增的引物,在低温下可实现引物与单细胞中RNA的随机结合,逆转录后引物序列离开RNA,实现模板转换,并进行后续的文库构建,使用了Cell Barcodes与UMI来进行细胞和分子的区分与计数。在1 M reads的深度下,SnapTotal-se...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
作者们使用点击化学进行全基因转录组分析方法,使用点击化学修饰的NTP处理小鼠胚胎干细胞。点击化学文库的准备需要大约8小时,作者们通过开发点击化学迭代方法用炔烃标记单个细胞核中的新生 RNA,但此过程中不会破坏核膜。通过测试该方法与PRO-seq之间的相关性,证明了...
一般来说,典型的 scRNA-seq 包括以下步骤: 组织解剖和细胞解离以获得细胞悬浮液。 (可选)可以选择细胞(例如,基于膜标记、荧光转基因或染色染料)。 将单细胞捕获到单独的反应容器(例如孔或油滴)中。 从每个细胞中提取 RNA。 将RNA 反转录为更稳定的 cDNA。
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。
全长测序仅限于plate-based的方案,并且文库制备与批量 RNA-seq 测序方法相当。全长方案并不总能实现转录本的均匀覆盖,因此基因体的特定区域可能仍然存在偏差。全长方案的一个主要优点是它们允许检测剪接变体。基于标签的方案仅对转录本的 3' 或 5' 末端进行测序。这是以不(必然)覆盖整个基因长度为代价的,使得很...
以2i/LIF和ERCC插入RNA培养的小鼠胚胎干细胞(mESCs)为材料,用6种不同的文库制备方法(CEL-seq2/C1、Drop-seq、MARS-seq、SCRB-seq、Smart-seq/C1和Smart-seq2)制备单细胞RNA-seq数据。这些方法的不同之处在于独特的分子标志(UMI)序列的使用,UMI序列可以区分源自原始mRNA分子的read和在cDNA扩增过程中产生的复制...