利用 HiRES 数据,363 个 (91%) 细胞通过基于插补的方法产生了 20 kb 分辨率的高质量结构 。 与单核 RNA-seq 类似,HiRES RNA 读数富集了新生转录本,与成熟 mRNA 相比,它可以更好地代表转录活性。然后,我们将等位基因解析的基因表达映射到同一细胞的重建 3D 基因组结构上,并计算单个细胞的变化-活性转录位点和沉...
在单细胞转录组数据集中,研究者确定了几个不同的免疫细胞簇,研究者根据已知的细胞类型特异性标记基因对其进行了标记(图 1E 和 F)。正如预期的那样,除了 LCH 细胞外,研究者还观察到 T 细胞(一些表达FOXP3,表明它们可能是 LCH 13中所述的调节性 T 细胞)、B 细胞、单核细胞/巨噬细胞和树突状细胞。 研究者最...
结合单细胞HiC和RNAseq数据，研究人员能够同时分析染色质结构和基因表达，从而直接揭示两者之间的关联。发现染色质相互作用与基因激活的关系：研究发现，在小鼠胚胎发育过程中，富含活性增强子的位点之间发生了大量的染色质相互作用，这些相互作用在基因激活前进行了重连，强调了动态染色质组织在基因表达调控中的...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群,但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。我们结合了一种基于微阵列的空间转录组方法,该方法使用一组斑点来揭示基因表达的空间模式,每个斑点捕获多个相邻细胞的转录组,与从同一样本生成的scRNA-Seq。为了精确地标注不同组织区域的细胞组成,我们介绍了一种多模态相交...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群,但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。本研究结合了基于微阵列的空间转录组(ST)方法,利用一系列spots揭示基因表达的空间模式。开发了Multimodal intersection analysis (MIA)多模式交叉分析,对原发性胰腺肿瘤应用发现导管细胞、巨噬细胞、树突状细胞和癌细胞的亚群...