单细胞 RNA-seq 为我们了解组织的组成等提供非常好的工具,而单细胞测序的效果也取决于我们到底测多少细胞,一般而言几百个细胞的单细胞测序不仅仅捕获常见的细胞成分,也会捕获稀少类型的细胞。由于 RNA 降解,细胞的凋亡和实验误差等原因,一些数据将会被排除,不纳入数据分析环节,因此初始选择的细胞个数往往会大于我们目...
首先是单细胞RNA-seq数据分析最佳实践,因为它也出现在单细胞转录组基础10讲里面。 推文里所有资料来源于单细胞天地的《单细胞RNA-seq数据分析最佳实践》合集。 推文内容非常详细,建议还是读一下原推文,笔记整理的肯定不够完善。 关于文章 文章详细介绍了典型的单细胞 RNA-seq 数据分析步骤,包括预处理(质量控制、标准...
单细胞RNA-seq被评为2018年重大科研进展，但实际上这是老技术。2015年，商品化单细胞RNA测序流程已经建...
15.1 前言 除了基因表达模式的变化之外,细胞组成(例如细胞类型的比例)也会在不同条件下发生变化。例如,特定药物可以诱导细胞类型的转分化,这将反映在细胞身份组合物中。需要足...
的文章，他们构建了一个跨越生理和病理状态的整个胃肠道（包括食管胃化生[E-GM]）、BE-IM、萎缩性胃炎和GIM的单细胞RNA-seq图谱，证明BE-IM和GIM共享分子特征，且单个细胞同时具有胃和肠上皮细胞的转录特性，在转录方面E-GM类似于萎缩性胃炎，此外，他们还证明GIM和BE-IM具有促肿瘤发生、活化的成纤维细胞微环境...
在这种情况下,我们通常对感兴趣的条件和参考条件之间基因表达模式差异的大小和重要性感兴趣。该参考可以是一切,但通常是健康样本。这种统计测试可以应用于任意组,但在单细胞RNA-Seq的情况下通常应用于细胞类型水平。 差异基因表达分析试图推断任何比较组之间(通常在每种细胞类型的健康组和状况组之间)统计上显著过度表达...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
单细胞RNA-seq(single cell RNA-seq, scRNA-seq)是目前用于细胞类型、细胞状态研究的核心工具,很多实验室也同时围绕scRNA-seq技术建立了多种计算方法并且优化了建库方法,不同方法在如何鉴别分子的细胞来源和文库建立方面有所区别。scRNA-seq技术不断革新、升级的同时,随之产生的高分辨、高通量数据也助力发表了多项研究...
基于ICELL8 cx系统的SMART-Seq应用工作流程,将和Oxford Nanopore Technology(ONT)一起奉献一场精彩的表演。 在该建库方案中,以单细胞起始,通过ICELL8 3'DE引物和5' SMART引物来合成cDNA及扩增。反转录酶首先以Oligo d(T)为引物,mRNA为模板,合成cDNA。合成进行至mRNA模板5’末端时,5’SMART引物会作为新的模板,...