分子模拟的简要介绍 在介绍分子动力学模拟方法之前，我们首先来认识一下分子模拟的概念，分子模拟是一种计算化学方法，它通过计算机程序模拟分子或分子体系的行为，以研究其结构、性质和相互作用。这种方法能够在原子或分子水平上提供对化学过程和物理现象的深入理解，是实验和理论化学的重要补充。分子模拟主要包括分子力学 ...
01 分子模拟的介绍 1.1 分子模拟的定义 分子模拟,顾名思义,是针对分子而进行的一种模型操作,即根据分子图形学原理,采用理论计算方法如量子力学、分子力学、分子动力学等在计算机上模拟或模仿分子行为的一门技术。 分子模拟技术赋予了我们洞察微观世界的能力,它使我们能够观察和操作那些在传统意义上无法直接观察的化学小...
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效，更经济，更有预见性的方向发展。在分子动力学模拟中，分子体系内的原子被赋予初始位置和速度，然后根据它们之间的相互作用力(这些力可以基于经验势函数或更复杂...
分子模拟可以通过两个方面进行,一是从实验数据来推测研究对象的三维结构和理化性质;二是用第一性原理方法进行尽可能准确的预测,如量子化学方法和力场计算方法。实践中,两者可以交互进行。三维结构模型的构建分为三个步骤: 生成起始模型 优化和分析 使用模型
分子模拟假说 分子模拟假说是2007年公布的免疫学名词，是指阐述自身免疫病机制的假说之一，认为某些微生物抗原与宿主自身抗原结构相似，故针对微生物抗原的特异性抗体或效应性T细胞可与相应宿主抗原产生反应，从而引起自身免疫病。
很多分子模拟的教材和其他的计算物理教材都有蒙特卡洛模拟方法的介绍。 通过前两部分(0-1,0-2)的介绍,我们只需要得到体系状态的概率分布: 就可以通过统计的方法求得物理量。但是其中配分函数𝑄𝑁𝑉𝑇并不容易计算,并且学习过统计物理会知道,如果我们知道了配分函数的解析表达式,其实可以直接通过配分函数来计算...
分子模拟(MS)MolecularSimulation 能量极小(EM)分子力学(MM)MolecularMechanics EnergyMinimization 分子动力学(MD)MolecularDynamics 起源于1970,分子的力场(FF)基于经典力学(ForceField)可计算庞大与复杂分子 MonteCarlo(MC)布朗动力学(BD)BrownianDynamics 2 主要内容 分子力学（MM）简介 分子力场（ForceField,FF）...
这些模块和功能,更多的是凭借MindSpore深度学习框架的自动微分、GPU加速和Python语言的灵活性,而本文要介绍的是深度学习框架可以带来的另一个重大优势:多路径的高通量分子模拟。 使用逻辑 在MindSponge分子动力学模拟框架中,原生的支持了多batch的计算模式,这个场景跟深度学习中处理Dataset时用到的batchwise是非常类似的。
分子模拟是现代化学和物理学的重要组成部分，尤其是对于大分子的研究。它们已经发展成为成熟的方法，可以有效地用于理解各种大分子体系结构与性质的关系。3月22日，清华大学化工系燕立唐教授课题组发表研究论文。无论是分子模拟领域入门者还是从事分子模拟相关方向的研究人员，这篇论文都将是一份极好的教程资料。其旨在厘清...