CADD计算机辅助药物设计设计流程,让学员能够掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux...
分子对接结果从左往右依次为蛋白配体结合其中红色代表高亲和力结合位点,绿色代表低亲和力位点,蓝色代表水分子或溶剂与蛋白质表面的相互作用位点;中间为小配体结构;右侧为结合模式,其中结合模式中粉色代表形成静电力的氨基酸,绿色代表形成范德华力的氨基酸,红色代表形成不利影响的氨基酸。此外还得根据配体与蛋白之间结合能推测...
2096 0 01:16 App 分子对接系列课程 4: pymol实现氨基酸定点突变 1628 0 14:16 App Autodock VIna分子对接全流程 1194 0 01:10 App 分子对接动力学模拟,工作日常 1518 0 02:32 App 分子动力学模拟常用软件 1447 0 04:08 App 分析对接系列课程17--三秒钟教你识别蛋白结合位点 2334 0 05:38 App 分子对...
整合了分子对接,MD,FEP的整个流程,一次输入,三个模拟自动完成。 使用者无需投入任何硬件成本 浏览器界面操作,实时显示对接图像 需要手动输入的文件减只有,一个工作路径,一个PDB编码,一个PDB小分子编码,一个小分子结构式 (SMLIES),共四个字符。然后就可一键运行。 Fep计算为绝对结合自由能,如需要比较两个小分子的...
分子对接模拟的原理基于分子间的相互作用力和空间排斥原理。其核心思想是通过计算分子之间的相互作用能,预测它们在空间中的相互排列方式。常见的分子对接模拟方法包括基于力场的对接、基于药物活性的对接、基于随机搜索的对接等。 •基于力场的对接方法:该方法利用力场参数计算分子之间的相互作用能,包括静电相互作用、范德...
RAMD(随机加速分子动力学):计算药物分子的解离路径及解离时间 REMD(温度副本交换分子动力学),REST2🛠️ 离子通道模拟: 离子通过模拟(compel) 电导率计算 选择性计算🖌️ 可视化工具: pymol 作图这些工具和技巧可以帮助你在分子模拟与对接领域取得突破,无论是学术研究还是工业应用,它们都是强大的助手。0...
第一步,打开咱安装好的分子模拟软件,然后把准备好的受体和配体的结构文件导入进去。这时候就像把钥匙和锁都放在桌子上,准备开始匹配啦。 第二步,设置对接参数。这可是个关键步骤哟,参数设置得好不好,直接关系到对接结果的准确性。一般来说,咱得设置对接盒子的大小和位置,这就好比给钥匙和锁匹配的范围划定一下,不...
🔬 分子对接、MD模拟、DFT计算,这些是科研工作中常用的计算方法。在Materials Studio中,我们可以进行分子动力学和DFT计算,包括过渡态和反应路径的计算。 🎨 此外,我们还能绘制能量阶梯图、计算能级轨道(HOMO和LUMO分子轨道)、静电势以及分子间相互作用。 🛠️ 无论是聚合物三维建模、超晶胞纳米粒子构建,还是分子...
MOE (Molecular OperatingEnvironment)分子操作环境,是由加拿大化学计算集团公司Chemical ComputingGroup ULC.开发的针对制药和生命科学的综合软件系统。它是一个综合的应用环境和技术开发平台,集可视化、模拟和应用开发于一体。MOE 在统一的操作环境下能通过分子模拟、蛋白质结构分析、小分子数据处理以及蛋白质与小分子对接研...
下面是模拟分子对接的一般流程: 1.选择分子:首先选择参与对接的两个分子,例如蛋白质和小分子药物。 2.分子预处理:对两个分子进行预处理,包括构建分子的三维结构、给分子添加电荷和能量最小化等操作。 3.搜索空间定义:定义分子之间的搜索空间,通常是指蛋白质和药物之间的接触面积。搜索空间的大小直接影响着计算的...