受体-配体作用假说和分子模拟是CADD的理论基础,根据受体结构是否已知,可将CADD技术分为间接药物设计(即基于配体的药物设计,LBDD)和直接药物设计(即基于结构的药物设计,SBDD)两种。 基于结构的药物设计中,分子对接(Molecular docking)是至今应用最广,最为成功的方法。分子对接一般指两个或多个分子通过几何匹配和能量...
整合了分子对接,MD,FEP的整个流程,一次输入,三个模拟自动完成。 使用者无需投入任何硬件成本 浏览器界面操作,实时显示对接图像 需要手动输入的文件减只有,一个工作路径,一个PDB编码,一个PDB小分子编码,一个小分子结构式 (SMLIES),共四个字符。然后就可一键运行。 Fep计算为绝对结合自由能,如需要比较两个小分子的...
CADD计算机辅助药物设计设计流程,让学员能够掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux...
1.载入对接结果 Analyze-Docking-Open AutDock vina result...载入对接结果,为方便观察,在弹出的对话框中选择载入模型的方式为“Single molecule with multiple conformations”,点击“确认”,可以看到窗口中能量最低的配体构象,通过键盘向右键,可以依次观察不同的对接结果; 2.载入受体 Analyze-Macromolecule-Open...载...
Easy2MD分子模拟是一键式分子动力学模拟平台,不需学习分子模拟知识即得到分子模拟结果。Easy2MD is a molecular dynamics simulation platform that easy to do MD without learning MD knowledge.
Welcome to Easy2MD 一键提交分子对接、分子动力学模拟文件,自动分析模拟结果 登录/注册 模拟结果示例 Figure 1. RMSD, RMSF, RG, SASA, Binding Energy, Hydrogen Bond Figure 2. FEL, B-Factor, PCA, MSM Published Paper©2019-2024天津大学 Easy2MD快捷模拟 蜀ICP备20025059号-1 ...
首先，分子对接可以预测分子间的结合方式。在分子模型学领域中，如果两个分子能够形成稳定的复合物，分子...
分子对接 使用分子对接方法模拟肌球蛋白和戊醛之间的相互作用。兔肌球蛋白(ID: 6YSY)的晶体结构从RSCB蛋白数据库(http://www.rcsb.org/pdb)下载。在对接之前,通过去除肌球蛋白中的水分子和其他配体来清洁模型结构。肌凝蛋白共有962个...
1.3万 12 22:57 App 分子对接论文结果重现 1562 -- 28:24 App CNS及子刊文献分享系列3/Nat.Materials(含分子动力学模拟动画) 3.1万 59 31:01 App 分子动力学学习(一):分子动力学如何入门 5768 4 1:00:33 App 2023iDEC:分子动力学原理概述 31.8万 978 2:45:02 App 网络药理学实操详细步骤讲解 ...
1.4分子对接的一般流程 2.常规的蛋白-配体对接 2.1收集受体与配体分子 2.2复合体预构象的处理 2.3...